小鼠菌株

装配和注释

小鼠基因组项目是一项正在进行的工作，旨在对普通实验室小鼠菌株的基因组进行测序，对所有形式的分子变异进行编目。他们已经生产了从头开始16株实验室和野生衍生菌株（129S1/SvImJ、A/J、ARK/J、BALB/cJ、C3H/HeJ、C57BL/6NJ、CAST/EiJ、CBA/J、DBA/2J、FVB/NJ、LP/J、NOD/ShiLtJ、NZO/HlLtJ、PWK/PhJ、SPRET/EiJ和WSB/EiJ）的装配和菌株特异性基因注释，来自短距离和长距离照明库、光学图和第三代测序的混合物。

菌株特异性基因组注释是通过结合Gencode M8小鼠转录本上的映射、菌株特异性RNA-seq以使用Augustus细化映射的转录本以及AugustusCGP（比较基因预测）以使用菌株特异性RNA-seq注释新的或私有的转录本而创建的。

将程序集和注释加载到Ensembl框架中，并运行其他分析。这些包括：使用Repeatmasker的repeatmasking；从头算Genscan的基因预测；CpG岛识别；用Eponine预测转录起始位点；tRNA扫描预测tRNA；UniProt、UniGene和ENA脊椎动物RNA收集的序列比对。使用InterProScan对蛋白质结构域进行注释。