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基因组学核心设施

GeneCore是EMBL的内部基因组服务中心

GeneCore是EMBL的内部基因组服务中心,配备了功能基因组分析所需的最先进技术,并由高素质员工运营。 

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我们做什么

基因组核心设施(GeneCore)为从小型研究团体到国际财团的广泛用户提供服务。

我们的大规模并行测序(MPS)套件拥有Illumina测序器–NextSeq500、NextSerq2000和MiSeq以及PacBio Sequel IIe。我们还与海德堡大学和德国癌症研究中心(DKFZ)密切合作,进一步增强这些测序技术的能力。

强大的仪器基础设施(如Covaris、生物分析仪、安捷伦碎片分析仪、安吉伦股骨脉冲、Qubit等)支持为各种应用准备MPS库。

为了支持大量样品的处理,我们使用了一套液体处理机器人,如Beckman-Coulter i7、FXp、Echo声学液体处理器和Dispendix iDot。


新闻

GeneCore网站维护

由于不可预见的情况,GeneCore网站目前正在进行重大维护。请联系我们solexa@embl.de如果你想提交样品进行测序。对于由此给您带来的不便,我们深表歉意。同时,请使用您可以下载的表格。


主要项目和成就

GeneCore以单端或对端测序模式提供以下分析,包括多路复用:

  • 核酸-蛋白质相互作用的全基因组定位分析-ChIP-Seq,CLIP-Seq。
  • 转录组测序:RNA-Seq。
  • 发现小的非编码RNA:ncRNA-Seq。
  • 全基因组DNA甲基化分析:甲基/BS-Seq。
  • 从头开始基因组DNA的测序和重新测序。
  • 溶液中的靶向富集(序列捕获)与MPS耦合。
  • 单细胞基因组应用(scRNA-Seq,scDNA-Seq)。
  • 还有更多。

GeneCore继续建立新的协议,以处理具有挑战性的样本,例如低输入或宏基因组样本。

为了分析MPS数据,我们与EMBL的生物信息学社区密切合作,开发内部、免费访问的工具。

迄今为止,GeneCore已经为其用户生成了100多TB的MPS序列数据。GeneCore的工作人员还培训个别研究人员,并组织相应主题的实践课程。


提供的服务

  • MPS排序。
  • miRNA qPCR分析、生物分析仪、液体处理机器人。
  • 获得仪器和完整支持:qPCR、NanoDrop、qbit、安捷伦生物分析仪和PCR循环器。
  • 咨询和实验设计建议。


技术合作伙伴

MPS仍然是一项非常有活力和快速发展的技术。我们与多家参与开发MPS相关产品的公司合作,例如在我们的工作流程中测试它们。GeneCore是Illumina、Agilent、NEB、Discendix和Beckman Coulter早期访问计划的成员。

有关GeneCore活动的详细概述,请访问网址:www.genecore.embl.de.


N-多糖酶1的缺失改变了K562细胞系的转录和翻译调控。

米勒·WF、雅各布·P、孙·H、克劳德·穆恩斯特·S、吉德利·戴斯·S、奥多内兹·D、博埃西·M、班契夫·M、科利尔·P、哈斯·B、贝内斯·V、保尔森·M、塞尔·P、刘易斯·J、德雷韦斯·G、斯坦梅茨·LM。

G3:基因、基因组、遗传学2020

10.1534/g3.119.401031


联系人

基因组学核心设施
EMBL海德堡,
梅耶霍夫斯特拉1,
69117海德堡,
德国


电话:+49 6221 387-8486/-8492
电子邮件:genecore@embl.de

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