琥珀色は、カリフォルニア大学のコールマン教授らのグループによって生体分子のために開発された、モデリングおよび分子力学と動力学計算シミュレーションプログラムのパッケージです。
溶媒水分子の配置や電荷のフィッティングを行なうビルダーモジュールなどのプログラムが多数用意されています。また、核磁共振リファインメントを実行したり、解析ツールを用いて動力学計算のトラジェクトリー解析を行ったりできます。琥珀色は独自の有用性の高いパラメーターを持ち、近年このプログラムを用いた論文が多数報告されています。
琥珀色は、無償の琥珀色工具と組み合わせて使用します。
琥珀色の技術サポートや講習会も承っています。
琥珀色，琥珀色工具の主なプログラム
砂光机: 分子動力学計算を行うメインプログラムです。核磁共振（NOE）測定から得られる距離拘束、ねじれ角拘束、化学シフトとNOESY（噪音）強度などから得られるペナルティ関数を基にした核磁共振構造の精密化が可能です。
pmemd系统：砂光机の計算速度を大幅に改良したものです。並列化効率も大きく向上しています。
琥珀色に含まれており、Xeon PhiやGPUがサポートされています。
nabc/sff公司: 分子の構築を行うプログラムで、一般化Born、Poisson-Boltzmann、3D-RISM仮想溶媒モデルを用いた、医学博士の実行、拘束の適用を行うツールです。
前室，MCPB.py: 一般有機分子や中心金属の力場パラメーターセットの作成プロセスを自動化します。出力されるパラメーターは、タンパク質や核酸用のものと同時に使用できるようにデザインされています。
LEaP，parmed公司: 基本的なモデルを構築し、動力学計算用の座標及びトポロジー入力ファイルを作成する機能を持ちます。
平方米，快速：経験、DFTB、および第一原理量子化学コードで、スタンドアロンまたは质量管理/市场营销での計算が可能です。
公共安全局：泊松-玻尔兹曼モデルを数値的に計算します。
3D-RISM公司: 溶媒和の積分方程式モデルを解きます。
gem.pmemd公司: 高度な力場を使用するためのツールです。
mdgx公司: 主にパラメーターフィッティングにより、琥珀色分子動力学の限界を押し広げるためのプログラムです。カスタマイズ可能な仮想サイトと実溶媒MD意为
cpptraj、pytraj：MD（医学博士）トラジェクトリーを解析し、様々な計算を行えます。基準構造からのRMS（有效值）偏差の計算、水素結合の解析、時間相関関数、動径分布解析など多数の解析が行えます。
MMPBSA.py公司：MD（医学博士）トラジェクトリーの後処理を自動化するスクリプトで、連続体溶媒モデルでのエネルギー解析を行えます。エネルギーを別々の残基からのエネルギー断片に分解したり、コンフォメーション間の自由エネルギー差を見積れたりできます。
铁试剂盒: 錬金術的自由エネルギーシミュレーションを解析するためのツールです。