MinRMS是一个查找最小值的程序 根-平方距离（RMSD）定线 两种蛋白质之间作为 内匹配残数对的数目 启发式有限的搜索空间。 对齐算法使用坐标 代表每个氨基酸残基的α-碳原子 需要的总计算时间为O（m^3n^2）， 哪里 米 和 n个 表示 蛋白质序列的长度。 出于实际目的，搜索是详尽的。 该方法足够快，可以进行 中等大小蛋白质（少于~800个残基） 在当前工作站级计算机上， 从而满足了系统分析的需要 多种看似相似的形状 在两个蛋白质之间使用 广泛接受的比较指标。
MinRMS生成 家庭 路线的 作为匹配残数对的函数。 也就是说，对于序列长度为n和m的两个蛋白质 （n>=m），将有m条最佳RMSD路线。 我们开发了一个可视化工具AlignPlot， 以便于探索 这种潜在的大量对齐。 这样的图形用户界面 提供了一种方便的探索方式 对齐空间，并解决其他人提出的问题 谁提出这可能并不总是容易的 甚至有可能找到一条“最佳”的结构路线。 下图显示了以下各项的结构比较结果 用minRMS进行谷氨酰胺合成酶（GS）和肌酸激酶（CK）。 虽然GS和CK没有显著的序列相似性， 这两种酶都有多种形式， 提出了类似的三级结构， 并催化涉及ATP的类似反应。 下图显示的是的用户界面 对齐绘图 以及相关项目 MSF查看器 , 集群，和 奇梅拉 .
其他参考文献：
A.I.Jewett、C.C.Huang和T.E.Ferrin， “MINRMS：一种有效的算法 使用确定蛋白质结构相似性 均方根距离” , 生物信息学 , 19 (5):625-634 (2003). C.C.Huang、W.R.Novak、P.C.Babbitt、A.I.Jewett、T.E.Ferrin和T.E。 克莱因， “用于结构和序列比对与分析的集成工具” , 太平洋生物计算研讨会 , 5 :227 (2000). MinRMS程序文档
计划可用性： MinRMS以源代码形式提供 来自RBVI的GitHub存储库： https://github.com/RBVI/分钟 .
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