我们所有软件发行版的完整源代码都可用。 许可条款因套餐而异。 可用的软件包包括：
积极开发和维护软件
奇美拉 可扩展的分子可视化与分析应用 奇美拉（ChimeraX） Chimera的继任者——仍在开发中 Cytoscape插件 可视化插件，如 结构Viz 和 ChemViz公司
可用但不受支持的软件
地形2 创建跨膜蛋白质图像 最小有效值 确定蛋白质相似性的工具 PDB记录I/O库 读/写PDB文件 KSDSSP公司 计算蛋白质二级结构 虚拟球体 使用鼠标进行三维操作 斯巴基 核磁共振谱分配 立体测试 简单的OpenGL立体测试程序
弃用的软件
MidasPlus公司 分子可视化 DMS系统 计算分子表面 对象技术框架 C++分子类生成器 SGI OpenGL立体声软件 自动切换SGI立体声模式
地形2 是一个 开源 用Python编写的程序 用于创建跨膜蛋白质2D拓扑图像。 它使 没有尝试预测它显示的TMD。 用户需要提供 这些信息。 如果需要，可以突出显示感兴趣的残留物。
我们有 开源 版本 用于阅读和编写Brookhaven蛋白质数据库（PDB）的两个库 格式化文件。 一个库写在 C编程语言 , 以及其他 C类++ 程序设计语言 。每个都可以将PDB记录（一行）解析为 并从结构输出PDB记录。
还提供了 电子壁报 用一个 描述上述库中PDB文件的场景注释 支持。 描述注释的完整论文已经出版 在中 分子图形学杂志 13 ，3（1995年6月）。
ksdssp公司 是 一个 开源 实施 中描述的算法 沃尔夫冈·卡布施和克里斯蒂安·桑德， “蛋白质二级结构词典： 氢键和氢键的模式识别 几何特征，“ 生物聚合物 , 22 , 2577-2637 (1983).
该包以C++源代码形式分发 并使用上述PDB记录I/O库的C++版本。
我们有一个 开源 实现 " 虚拟球体 " 算法，它提供了一种与中的对象交互的方法 使用工作站鼠标进行三维显示。 此技术类似于 如：M.Chen、S.Mountford和A.Sellen所述， “使用二维控制设备进行交互式三维旋转的研究” SIGGRAPH’88会议记录， 计算机制图 22 , 4（1988年8月），第121-129页。
通过我们与 加州大学旧金山分校 核磁共振实验室， 我们开发了 斯巴基， 一个 开源 NOE交叉峰包 作业。 开发和维护现已由 麦迪逊核磁共振设施 并重命名为 NMRFAM-停车场 .
这个 立体测试 程序 是一个简单的OpenGL程序，用于在窗口中排除OpenGL 3D立体声的故障 在Linux和Windows上。 二进制文件和源文件可用。
我们的 奇美拉 可扩展分子模型系统 已取代Midasplus，我们不再发布此软件。
MidasPlus公司 （分子相互作用 显示和模拟）广泛用于显示和操作 高分子。 MidasPlus的功能包括选择性显示 蛋白质和核酸结构，展示几种类型的 分子表面，包括范德瓦尔斯、溶剂可及表面和空间 用阴影填充图像，描述蛋白质二级结构的能力 使用“带状”图形，查看三维图像使用 立体眼镜，以及各种观看方式的轻松交互调整 参数。
注：如果您使用DMS生成 UCSF码头 输入， 它更容易使用 UCSF奇美拉 的 编写DMS工具 而不是。
DMS系统 是一个 开源 用C编写的程序 计算分子的分子表面。 它可以分发 跨多个主机进行计算以获得最大性能。 表面 计算结果是F.M.Richards（1977， 生物物理学年鉴。 比昂。 ). 除了分子表面，DMS还可以报告 与每个表面点相关的分子表面积，以及表面 每个曲面点的法线。
DMS可以以zip或shar格式下载。 zip存档 ( dms.zip格式 ) 可以使用“unzip”展开 命令或任何zip实用程序。 shar存档 ( dms.shar ) 可以使用提取 命令 sh<dms.shar 来自Unix或Cygwin shell。 无论哪种情况，结果都应该是“dms”目录 包含DMS的源以及 自述文件 描述如何编译DMS的文件。
我们的 对象技术框架 （OTF）是 一个 开源 易于生成的包 功能强大的C++类，可根据 生化应用程序开发人员。
自动立体声 是一个 开源 软件包供开发人员使用 支持在SGI IRIX工作站上添加多应用程序立体声支持。 第一个使用立体声窗口的应用程序将导致视频格式 切换到立体声查看以及最后一个应用程序何时完成 立体声，视频格式切换回来。 这个包裹包括一个小的 用于链接应用程序和可调用的守护进程的库 由库自动执行或放置在X会话文件中。