CGD多基因搜索
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帮助

此表单允许对多个念珠菌-相关基因组。

要搜索更多不同的真菌序列，请尝试SGD真菌基因组搜索.

1.输入查询序列

跳转到：选择目标生物体|选择目标序列|选择BLAST程序|启动BLAST|其他BLAST选项

键入或粘贴查询序列（仅限FASTA或RAW格式）：

使用默认设置：

  • 搜索所有基因组
  • 用BLASTN搜索基因序列进行DNA查询
  • 用BLASTP搜索蛋白质序列进行蛋白质查询

2.选择一个或多个靶基因组

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单击时按Control（PC）或Command（Mac）键选择或取消选择多个基因组。

3.选择目标序列数据集

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注：数据集选项可能受到目标基因组选择的限制。非编码序列特征的数据集目前仅适用于以下基因组：

  • 白色念珠菌SC5314组装19
  • 白色念珠菌SC5314组装21
  • 白色念珠菌SC5314装配22
  • 金念珠菌B11221
  • 金念珠菌B8441
  • 杜氏假丝酵母CD36
  • 光滑假丝酵母CBS138
  • 假丝酵母Co 90-125
  • 假丝酵母CDC317
  • 汉森德巴利酵母CBS767

    • 要专门搜索非编码特征，请将您的选择限制在这些基因组上。要在其他基因组中搜索非编码特征，请选择“GENOME”数据集。

    4.选择合适的BLAST程序

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    注意：程序选项受查询序列类型和目标序列数据集选择的限制。我们试图从文本内容猜测您的查询序列类型。如果这个猜测是错误的，您可以在此处覆盖它：

    查询=

    注：由于并非所有基因组都已完全注释，通过蛋白质查询，您可以使用TBLASTN程序搜索“基因组”数据集，获得更全面的结果。

    注：对于BLASTX和TBLASTX搜索：
    您可以选择用于查询翻译的备用遗传代码。这可能适合的查询包括大多数念珠菌-相关物种（使用12：替代酵母核代码）或线粒体DNA序列。请参阅非标准遗传代码帮助页了解更多详细信息。CGD的默认代码为：12：替代酵母核代码.

    5.启动BLAST

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    或

    其他BLAST选项

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    查询名称或注释（将添加到输出中供您使用）：

      可选BLAST参数
      有关BLAST参数和搜索策略的描述，请参阅NCBI的BLAST文件。
      有关CGD使用的默认参数值的规范，请参阅BLAST默认参数帮助页。

    • 要显示的路线数：
      		•

    • 设置预期阈值（E值）：
      		•

    • 选择搜索策略：
      		•
      注意：仅限BLASTN和BLASTP搜索。
      对于BLASTN，除查询<50 nt（BLASTN-SHORT）外，默认策略为DC-MEGABLAST。
      对于BLASTP，除查询<30 aa（BLASTP-SHORT）外，默认策略为BLASTP。
      选项可能会更改以下参数设置的默认值。

    • 低复杂性过滤：
      		•  BLASTN的灰尘，所有其他的SEG
    • 允许间隙对齐？
      		•
    • 选择核苷酸匹配/不匹配分数：
      		•  仅适用于BLASTN
    • 选择氨基酸替代矩阵：
      		•  适用于除BLASTN以外的所有程序
    • 设置BLAST字长：
      		•


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