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生物分子三维结构的Jmol显示

更新可用!单击此处转到更安全的Jsmol版本

坏消息和好消息!

2019年8月

在不久的将来,可能会停止访问这些文件。如今,谷歌更加重视移动兼容性,因此这一部分可能会对收视率产生负面影响。这些Java文件可能只适用于在桌面计算机上显示。

如果您仍在使用(或需要)任何这些主题,请联系我们。

2015年10月

更改此小程序的最新版本后,您可能会遇到以下消息:
Jmol被Java安全阻止
证书已被吊销。
不会执行该应用程序。

这影响了其他网站上使用Jmol applet系统显示分子图像的大量网页。
然而,BioTopics.co.uk服务器上这些基于JMol小程序的页面可能不受影响,因为它们正在运行另一个(旧)版本。
我知道还有很多用户仍然在访问这些文件,而不是JSmol版本。
最近更新的JSmol版本似乎没有受到影响。。。。。

请让我知道这些分子是否显示在您的系统中。
[请使用反馈图标]

BioTopics网站的这一部分与生物化学品有关,可以将其可视化为三维交互式分子图像,并以交互方式进行解释。

这些页面依赖于Java(不要与javascript混淆),Java以灵活的方式扩展了显示功能和交互性。不幸的是,Java最近被发现存在各种安全漏洞,其结果是大多数浏览器都会过滤使用Java的页面,并且只有在提示和警告之后才能继续。除了给用户带来不便和警告外,它有时还会干扰数据流,影响页面功能。如果您选择遵循下表中的链接,您可能会反复收到有关安全问题的警告。我相信这些文件本身并没有特别的风险——它们没有感染病毒——但通过Java访问它们可能会让用户的计算机受到恶意功能的攻击。通过最初显示的警告页面后,这些页面都很容易访问。

然而,这些特性中的大多数都可以通过使用javascript:JSMOL进行少量修改来复制,这并不存在安全风险。只要在浏览器中启用javascript,就已经完成了将所有这些材料(以及更多!)转换为与大多数计算机和平板电脑兼容的格式的工作!

我现在已经制作了一系列JSMOL页面来替代这些页面。下面是等效的菜单页:JSmol菜单

考虑到需要让手机用户能够访问文件(手机用户的屏幕较小,无法访问Java小程序(?)),我现在已经从谷歌搜索的文件列表中删除了这些材料。

Java安全工作区

您现在可以添加:
https://www.biotopics.co.uk/JmolApplet网站/
到异常站点列表(剪切并粘贴上面的行)。

这可以从Windows控制面板访问,搜索Java,双击Java图标进入Java控制面板,然后单击安全选项卡并编辑站点列表。。。

请让我知道这是否成功,或者您是否需要更多帮助。
这些文件已被写入或转换为使用Jmol Java applet(此服务器上的当前版本11.00),所以它们应该在几乎所有现代计算机中都可见。
然而,带有Windows XP的Internet Explorer 6(以及带有或不带有IE7的IE7Windows Vista)可能会阻止此功能;图像可能需要单击才能使用鼠标移动。一些控制脚本也可能会触发过于谨慎的反应。

请使用左侧的反馈链接让我知道这些图像是否显示在您的计算机上。

大多数苹果台式机和笔记本电脑型号都使用Java,应该可以通过这些文件提供非常清晰的图像,尤其是大屏幕上的蛋白质。
遗憾的是,iPad和大多数平板电脑都不使用Java,所以这些分子不会显示在上面。

使用Jmol Java applet,可以很容易地显示这些页面上的三维、可旋转、可缩放图像,如果您在浏览器中启用了JavaJmol是开源(免费)的,它从与这些服务器相同的服务器上运行页面,因此所有用户都可以使用(有效地,无论浏览器类型)。
它是Chime插件的替代品必须安装在自己的计算机上(不容易进行教育网络)。与Chime不同,Jmol也在不断开发中。

尽管小程序加载时会有初始延迟页面应该更快。下面的每个链接都将引入一个单独的覆盖页面,将此列表页面留在其下方。使用后,只需以通常的方式关闭这些窗口(使用下面的图标或单击浏览器窗口角落的X)。


碳水化合物
单糖
己糖 葡萄糖 α和β-葡萄糖
果糖 葡萄糖-半乳糖比较
戊糖 核糖 脱氧核糖
葡萄糖衍生物 氨基葡萄糖 N-乙酰氨基葡萄糖
二糖类
葡萄糖二聚体 麦芽糖 纤维二糖
混合二聚体 蔗糖 乳糖
多糖
储存化合物-动物 糖原  .
储存化合物-植物 直链淀粉     [另一种直链淀粉] 支链淀粉
结构化合物-植物 纤维素
淀粉碘试验 淀粉-碘复合物
氨基酸
全部显示在一页上 20种氨基酸
个别氨基酸
-看起来有点大
甘氨酸丙氨酸缬氨酸亮氨酸异亮氨酸丝氨酸苏氨酸赖氨酸组氨酸精氨酸苯丙氨酸酪氨酸色氨酸半胱氨酸蛋氨酸天冬氨酸天冬酰胺谷氨酸谷氨酰胺脯氨酸
二肽
特殊要求 亮氨酸丙氨酸
蛋白质
蛋白质结构水平 一般原则 如胰岛素所示
如血红蛋白所示 如肌红蛋白所示
酶的结构 以淀粉酶为例
胃蛋白酶
胃蛋白酶原
不久将添加更多内容
纤维状蛋白胶原蛋白
脂类(脂肪和油)
子单位 甘油 饱和和不饱和脂肪酸
多不饱和脂肪酸 α-烯酸 γ-烯酸
关于功能性食品的更多信息 植物甾醇和甾醇及其酯类
中性脂肪 甘油三酯 单甘油脂和二甘油脂
  磷脂 磷脂双层
甾醇和类固醇 胆固醇 更多精彩内容 
核酸
章节 DNA-另请参见下文*  
核苷酸AMP、TMP对 GMP、CMP对
底座 DNA碱基 RNA碱基
辅酶 列车自动防护系统 NAD和减少的NAD
其他生物感兴趣的分子
咖啡因 青霉素 另一种真菌产品
抗疟疾化合物 紫杉醇  抗结核药物
叶绿素乙酰胆碱 人造甜味剂
对乙酰氨基酚 鸦片和大麻素 水杨酸和阿司匹林
辣椒素
抗生素
β-内酰胺类 示例 其他类别
抗生素
示例
青霉素类
(佩内姆斯)
青霉素G
阿莫西林
氨苄西林
甲氧西林
大环内酯类 红霉素
头孢菌素类
(造父变星)
头孢氨苄 四环素类 利美环素
单内酰胺类 氮曲南 喹诺酮类 环丙沙星
碳青霉烯类 美罗培南 氨基糖苷类 链霉素
β-内酰胺酶抑制剂 克拉维酸 磺胺类 磺胺甲恶唑
二氨基嘧啶 甲氧苄啶
糖肽 万古霉素
恶唑烷酮类 利奈唑胺
[遗漏了一些维生素的图片]

我非常感谢那些为这些分子提供原始数据文件的人(基本上不知道),他们大多在.mol、.pdb和.xyz格式。
然而,并非所有分子在互联网上的表现都是完全可靠的,所以要小心。
我最近开始使用ACD制作我自己的坐标文件(或修改/更正其他人的文件!)化学素描

我找到了Jmol应用程序模型套件非常有助于修改和微调分子结构。这里有几个文件需要这种处理。

您可以从RSCB蛋白质数据库它“为研究生物大分子的结构及其与序列、功能和疾病的关系提供了各种工具和资源”。它有一个非常可读的部分每月分子-字母表它提供了生物化学分子的背景信息,而没有过多的细节或沉重的图形。

这个欧洲生物信息研究所是欧洲分子生物学实验室的分支机构,提供有关生物分子的各种信息。

这个DrugBank数据库是一个独特的生物信息学和化学信息学资源,我发现它非常有用。
化学蜘蛛是皇家化学学会拥有的免费化学结构数据库。

RASMOL是使用这些格式的分子的独立3D查看器,有效地应用了Chime、Protein Explorer和Jmol基于

*RasMol主页
*用于RISC OS的RasMol

Jmol还有一个独立的应用程序版本可用于开发工作,与网页格式无关。这在全屏模式下尤其好。
*Jmol概述

其他网站上基于Jmol的分子可视化文件

Jmol由一个热情的(全球)从业者团队照顾:我非常感谢埃里克·马茨马萨诸塞大学名誉教授建议我集中精力使用Jmol在这些网页上进行分子显示,而不是浪费时间使用Chime。他目前的兴趣是“大分子可视化和结构生物信息学”!并参与Jmol简介蛋白质探索者,两者都用于蛋白质结构的探索。

我也衷心感谢鲍勃·汉森,美国明尼苏达州诺思菲尔德圣奥拉夫学院化学教授,维护和扩展Jmol-参见Jmol开发页面。他似乎能以最快的速度修复缺陷,并以惊人的速度添加新功能。这是一个非常有用的分子查看器他已经凑齐了。

(仅限站长:Jmol可以在此处下载:https://jmol.sourceforge.net/下载/)

Angel Herráez博士西班牙阿尔卡拉大学是Jmol的另一个热心用户(他刚刚制作了一个来解释它的用法-稍后详细介绍)。
他拥有一些非常有用的资源,例如:
*DNA结构一个优秀的基于Chime的教程的修改版本
*中学教育的分子模型从西班牙语翻译而来的令人印象深刻的教程
两者都可以从位于的索引页访问https://biomodel.uah.es/en/

Frieda Reichsman博士还制作了一系列优秀的分子动画,可以在网上看到https://www.moleculesinmotion.com/

蛋白质体是一个协作的3D蛋白质和其他分子百科全书。Eric Martz说:“Proteopedia将发展成为最有用的在线参考网站之一关于大分子的结构信息。蛋白质体已经存在包含一个自动生成的页面蛋白质数据库中有50000个条目。此自动页面包含分子单位为Jmol,绿色链接显示每个站点和PDB文件中的配体(回显其全名)论文,并链接到其他一些特别有用的结构服务和资源。
学生和教育工作者可以开发高分子结构教程在Proteopedia中比在目前任何其他系统中都容易。

膜中蛋白质的定位(OPM)数据库
OPM提供了膜蛋白相对于脂质双层的碳氢化合物核心的空间排列。
这是一个相当全面的重要生物分子选择,被视为两个由红点和蓝点组成的圆盘之间的三明治,显示了这些蛋白质如何与细胞表面或细胞内的膜相互作用。

请让我知道任何其他适当级别的基于Jmol的信息源。




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