scATAC。资源管理器

一组单细胞ATAC测序数据集及其元数据


生物导体版本:释放(3.19)

此软件包提供了一个工具,用于搜索和下载公开可用的单单元ATAC-seq数据集及其元数据的集合。scATAC-Explorer旨在为希望研究单细胞ATAC-seq数据的用户提供单一入口点。用户可以使用元数据表快速搜索可用的数据集,并下载感兴趣的数据集以便在R中进行即时分析。

作者:Arrian Gibson Khademi[aut,cre]、Erik Christensen[aut]、Parisa Shooshtari[aut]

维护人员:Arrian Gibson Khademi在uwo.ca>

引文(从R中输入引文(“scATAC.Explorer”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“scATAC.Explorer”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“scATAC.Explorer”)
scATAC。资源管理器 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 实验数据,表达式数据,地理位置,基因组,包类型数据,排序数据,单细胞数据,组织
版本 1.10.0
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.1),单细胞实验,生物文件缓存,数据表,实用程序,S4载体
进口 方法,矩阵
系统要求
统一资源定位地址
错误报告 https://github.com/shooshtarilab/scATACseq/issues
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 scATAC。探险家_1.10.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scATAC.Explorer
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scATAC。资源管理器
包短Url https://bioconductor.org/packages/scATA.Clorer网站/
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