帕西拉

Brooks等人编写的包含帕西拉基因敲除的RNA-seq样本的per-exon和per-gene读取计数的数据包,《2011年基因组研究》。


生物导体版本:释放(3.19)

该软件包提供了从RNA-seq数据中为所选基因计算的per-exon和per-gene读取计数,这些数据在Brooks an、Yang L、Duff MO、Hansen KD、Park JW、Dudoit S、Brenner SE、Graveley BR、Genome Res.2011年2月的文章“果蝇和哺乳动物之间RNA调控图谱的保护”中提出;21(2):193-202,Epub 2010年10月4日,PMID:20921232。该实验研究了哺乳动物NOVA1和NOVA2的果蝇直系同源基因Pasilla的RNAi敲低对转录组的影响。软件包渐晕描述了此处提供的数据是如何从NCBI基因表达总览提供的RNA-Seq读取序列数据中衍生出来的,注册号为GSM461176至GSM461181。

作者:沃尔夫冈·胡贝尔(Wolfgang Huber)、亚历杭德罗·雷耶斯(Alejandro Reyes)

维护人员:亚历杭德罗·雷耶斯<Alejandro.Reyes.ds at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“pasilla”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“pasilla”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“pasilla”)
数据预处理和数据对象pasillaGenes和pasillaExons的创建 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式

细节

生物视图 果蝇_黑腹果蝇_数据,实验数据,基因组,RNASeq数据
版本 1.32.0
许可证 LGPL公司
取决于 R(>=3.5.0),DEXSeq公司
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 帕西拉_1.32.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pasilla网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pasilla
包短Url https://bioconductor.org/packages/pasilla网站/
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