作者：Koki Tsuyuzaki[aut，cre]，石井Manabu[aut]，二阶伊藤
上次修改时间：2023-11-22 05:01:24.998254
已编译：2024年4月3日星期三06:31:14

1安装

要安装此软件包，请启动R（>=4.1.0）并输入：

if（！requireNamespace（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.软件包（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“AHLRBaseDbs”）

2提取LR基准Db数据库来自批注中心

这个AHLR底座包为所有LR基准Db数据库中的数据库批注中心.首先，我们加载/更新批注中心资源。

库（AnnotationHub）ah<-注释Hub（）

接下来我们列出所有LR基准Db条目来自批注中心.

查询（ah，“LRBaseDb”）
##AnnotationHub有872条记录###snapshotDate（）：2024-04-02###$dataprovider:FANTOM5、DLRP、IUPHAR、HPRD、STRING、SWISSPROT、TREMBL、ENSEMBL、CE。。。###$物种：热带非洲爪蟾、秃鹫、海狸、塔基福古蜥蜴。。。###$rdataclass:SQLiteFile###additional mcols（）：分类学，基因组，描述，###coordinate_1_based、maintainer、rdatadateadded、preparerclass、tags、，###rdatapath，源URL，源类型###使用例如“object[[“AH91646”]]”检索记录## ##标题##AH91646|LRBaseDb代表Anolis carolinensis（Anole蜥蜴，v001）##AH91647|LRBaseDb代表Aquila chrysaetos chrysaetos（金鹰，v001）##AH91648|LRBaseDb，用于calliptera阿斯塔罗非鱼（Eastern happy，v001）##AH91649|LRBaseDb for Anopheles gambiae str.PEST（Anopheline，v001）##AH91650|LRBaseDb用于大熊猫（熊猫，v001）##   ...        ...                                                           ##AH116603 |喉带绦虫的LRBaseDb（斑马雀，v007）##AH116604|LRBaseDb用于Takifugu rubripes（Fugu，v007）##AH116605|LRBaseDb代表滨海熊（北极熊，v007）##AH116606|LRBaseDb用于Vulpes Vulpes（红狐，v007）##AH116607|LRBaseDb用于热带爪蟾（热带爪蛙，v007）

我们可以确认Bioconductor S3桶中AnnotationHub中的元数据具有mcols（）.

mcols（查询（ah，“LRBaseDb”）
##具有872行和15列的DataFrame##标题数据提供者种类##<字符><字符>##用于Anolis的AH91646 LRBaseDb。。FANTOM5、DLRP、IUPHAR等，。。卡罗琳按蚊##Aquila的AH91647 LRBaseDb。。FANTOM5、DLRP、IUPHAR等，。。Aquila chrysaetos公司。。##用于Astatot的AH91648 LRBaseDb。。FANTOM5、DLRP、IUPHAR等，。。虾蛄。。##AH91649用于按蚊的LRBaseDb。。FANTOM5、DLRP、IUPHAR等，。。冈比亚按蚊街。。##用于Ailurop的AH91650 LRBaseDb。。FANTOM5、DLRP、IUPHAR等，。。大熊猫## ...                         ...                    ...                    ...##用于Taeniop的AH116603 LRBaseDb。。FANTOM5、DLRP、IUPHAR等，。。斑胸草雀##用于Takifug的AH116604 LRBaseDb。。FANTOM5、DLRP、IUPHAR等，。。红色Takifugu##AH116605 LRBaseDb用于Ursus m.FANTOM5、DLRP、IUPHAR等，。。滨海乌苏斯##用于Vulpes的AH116606 LRBaseDb。。FANTOM5、DLRP、IUPHAR等，。。秃鹫##用于Xenopus的AH116607 LRBaseDb。。FANTOM5、DLRP、IUPHAR等，。。热带非洲爪蟾##基于分类单元基因组描述坐标1##＜integer＞＜character＞＜character＞＜integer＞##AH91646 28377 NA对应表。。1##AH91647 223781 NA对应表。。1##AH91648 8154 NA对应表。。1##AH91649 180454 NA对应表。。1##AH91650 9646 NA对应表。。1## ...             ...         ...                    ...                ...##AH116603 59729 NA对应表。。1##AH116604 31033 NA对应表。。1##AH116605 29073 NA对应表。。1##AH116606 9627 NA对应表。。1##AH116607 8364 NA对应表。。1##maintainer rdataate添加了prepareclass##<字符><字符>##AH91646 Koki Tsuyuzaki<k.t.…2021-04-19 AHLRBaseDbs公司##AH91647 Koki Tsuyuzaki<k.t.…2021-04-19 AHLRBaseDbs公司##AH91648 Koki Tsuyuzaki<k.t.…2021-04-19 AHLRBaseDbs公司##AH91649 Koki Tsuyuzaki<k.t.…2021-04-19 AHLRBaseDbs公司##AH91650 Koki Tsuyuzaki<k.t.…2021-04-19 AHLRBaseDbs公司## ...                         ...            ...           ...##AH116603 Koki Tsuyuzaki<k.t.…2024-03-18 AHLR基地##AH116604 Koki Tsuyuzaki<k.t.…2024-03-18 AHLRBaseDbs公司##AH116605 Koki Tsuyuzaki<k.t.…2024-03-18 AHLR基地##AH116606 Koki Tsuyuzaki<k.t.…2024-03-18 AHLRBaseDbs公司##AH116607 Koki Tsuyuzzaki<k.t.…2024-03-18 AHLR基本数据库##标记rdataclass##＜AsIs＞＜字符＞##AH91646注释，Anole蜥蜴，Anolis carolinensis，。。。SQLite文件##AH91647注释，Aquila chrysaetos ch.，BADERLAB，。。。SQLite文件##AH91648注释，虾蛄。。，BADERLAB，。。。SQLite文件##AH91649 Anopheles gambiae st.，Anopheline……注释，。。。SQLite文件##AH91650大熊猫，注释，BADERLAB，。。。SQLite文件## ...                                                   ...         ...##AH116603注释，BADERLAB，BIOMART，。。。SQLite文件##AH116604注释，BADERLAB，BIOMART，。。。SQLite文件##AH116605注释，BADERLAB，BIOMART，。。。SQLite文件##AH116606注释，BADERLAB，BIOMART，。。。SQLite文件##AH116607注释，BADERLAB，BIOMART，。。。SQLite文件##rdatapath源URL源类型##<字符><字符>##AH91646 AHLRBaseDbs/v001/LRB。。https://github.com/r。。CSV公司##AH91647 AHLRBaseDbs/v001/LRB。。https://github.com/r。。CSV公司##AH91648 AHLRBaseDbs/v001/LRB。。https://github.com/r。。CSV公司##AH91649 AHLRBaseDbs/v001/LRB。。https://github.com/r。。CSV文件##AH91650 AHLRBaseDbs/v001/LRB。。https://github.com/r。。CSV公司## ...                         ...                    ...         ...##AH116603 AHLRBaseDbs/v007/LRB。。https://github.com/r。。CSV公司##AH116604 AHLRBaseDbs/v007/LRB。。https://github.com/r。。CSV公司##AH116605 AHLRBaseDbs/v007/LRB。。https://github.com/r。。CSV公司##AH116606 AHLR基本数据库/v007/LRB。。https://github.com/r。。CSV公司##AH116607 AHLRBaseDbs/v007/LRB。。https://github.com/r。。CSV公司

我们只能查询LRBaseDb SQLite文件中的物种小家鼠.

qr<-query（ah，c（“LRBaseDb”，“小家鼠”）#文件路径_mmu<-qr[[1]

可以使用的参数指定此文件路径RSQLite:：dbConnect和LRBaseDbi:：LRBaseDb也用作scTensor公司，这是一个用于检测细胞间相互作用检测的R/生物导体包。

有关详细信息，请查看RSQ网站,LRBaseDbi系列、和scTensor公司.

会话信息

##R开发中（不稳定）（2024-03-18 r86148）##平台：x86_64-pc-linux-gnu##运行于：Ubuntu 22.04.4 LTS## ##矩阵产品：默认##BLAS:/home/biocbuild/bbs-3.19-bioc/R/lib/libRblas.so##LAPACK:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/LAPACK/liblapack.so.3.10.0## ##区域设置：##[1]LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C##[3]LC_TIME=en_GB LC_COLLATE=C（LC_TIME=en_GB LC_COLLATE=C）##[5]LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-9##[7]LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C##[9]LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C##[11]LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C## ##时区：美国/纽约##tzcode源代码：系统（glibc）## ##附加的基本包：##[1]stats graphics grDevices utils datasets方法库## ##其他附加包：##[1]注释Hub_3.11.3 BiocFileCache_2.11.2 dbplyr_2.5.0##[4]BiocGenerics_0.49.1生物风格_2.31.0## ##通过命名空间加载（未附加）：##[1]rappdirs_0.3.3 sass_0.4.9 utf8_1.2.4##[4]仿制药-0.1.3生物版本_3.19.1 RSQLite_2.3.6##[7]消化_0.6.35 magrittr_2.0.3评估_0.23##[10]预订_0.38 fastmap_1.1.1 blob_1.2.4##[13]jsonlite_1.8.8注释Dbi_1.65.2基因组信息Db_1.39.10##[16]DBI_1.2.2生物经理_1.30.22 httr_1.4.7##[19]purr_1.0.2 fansi_1.0.6生物串_2.71.5##[22]jquerylib_0.1.4 cli_3.6.2蜡笔_1.5.2##[25]rlang_1.1.3 XVector_0.43.1生物基_2.63.1##[28]位64_4.0.5，带有r_3.0.0缓存_1.0.8##[31]yaml_2.3.8工具_S.4.0备忘录_2.0.1##[34]dplyr_1.1.4基因组信息DbData_1.2.12文件锁_1.0.3##[37]卷曲5.2.1 mime_0.12 png_0.1-8##[40]vctrs_0.6.5 R6_2.5.1状态4_4.4.0##[43]生命周期_1.0.4 zlibbioc_1.49.3 KEGGREST_1.43.0##[46]IRanges_2.37.1 S4Vectors_0.41.5位_4.0.5##[49]pkgconfig_2.0.3柱_1.9.0 bslib_0.7.0##[52]胶_1.7.0 xfun_0.43藏布_3.2.1##[55]tidyselect_1.2.1编织_1.45 htmltools_0.5.8##[58]rmarkdown_2.26编译器.4.40