##----消息=FALSE----------------------------------------------------------库（motifmatchr）库（GenomicRanges）图书馆（总结实验）文库（BSgenome）#加载一些示例图案数据（example_motifs，package=“motismatcher”）#制作一组峰值峰值<-G范围（序列名=c（“chr1”、“chr2”、“chr2”），范围=I范围（开始=c（7658587342772928100183786），宽度=500））#获取图案匹配，例如山峰中的图案motif_ix<-matchMotifs（例如motifs，peaks，genome=“hg19”）motifMatches（motif_ix）#从结果中提取匹配矩阵#获取峰中的图案位置，例如峰中的图形motif_pos<-matchMotifs（例如motifs，peaks，genome=“hg19”，out=“位置”）## -----------------------------------------------------------------------------#使用峰值motif_ix_peaks<-matchMotifs（例如_motifs，peaks，genome=“hg19”）#使用总结实验示例_总结实验<-总结实验（分析=列表（计数=矩阵（1，ncol＝4，nrow=3）），rowRanges=峰值）motif_ ix_总结实验<-matchMotifs（示例_，示例_总结实验，基因组=“hg19”）all相等（motifMatches（motif_ix_peaks），motifMatches（motif_ix_SummarizedExperiment）##----消息=FALSE----------------------------------------------------------#使用BSgenomeViewsexample_BSgenomeViews<-BSgenomeViews（BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，峰值）motif_ix_BSgenomeViews<-matchMotifs（示例_motifs，示例_BSgenumeViews）all.equal（motifMatches（motiv_ix_peaks），motifMatches（modif_ix_BSgenomeViews））##----消息=FALSE----------------------------------------------------------#使用DNAStringSet库（生物串）文库（BS基因组.Hsapiens.UCSC.hg19）example_DNAStringSet<-getSeq（BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，峰值）motif_ix_DNAStringSet<-matchMotifs（example_motifs，example_DNAString集）all.equal（motifMatches（motiv_ix_peaks），motifMatches（modif_ix_DNAStringSet））##----消息=FALSE----------------------------------------------------------#使用字符向量example_character<-as.character（example_DNAStringSet）motif_ix_character<-matchMotifs（示例_运动，示例_字符）all.equal（motifMatches（motiv_ix_peaks），motifMatches（motif_ix_character））## -----------------------------------------------------------------------------motif_ix<-matchMotifs（例如motifs，peaks，genome=“hg19”，bg=“even”）## -----------------------------------------------------------------------------motif_ix<-matchMotifs（例如motifs，peaks，genome=“hg19”，bg=“genome”）## -----------------------------------------------------------------------------motif_ix<-matchMotifs（示例_motifs，峰值，基因组=“hg19”，bg=c（“A”=0.2，“c”=0.3，“G”=0.3、“T”=0.2）##----消息=FALSE----------------------------------------------------------库（TFBSTools）example_pwms<-do.call（PWMatrixList，lapply（example_motifs，toPWM，假计数=0.5））## -----------------------------------------------------------------------------motif_ix<-matchMotifs（例如motifs，peaks，genome=“hg19”）打印（motif_ix）头部（motifMatches（motiv_ix））motif_ix_scores<-matchMotifs（例如motifs、peaks、，基因组=“hg19”，out=“分数”）打印（motifix核心）头部（motifMatches（motiv_ix_scores））头部（motifScores（motiv_ix_scores））头部（motifCounts（motiv_ix_scores））motif_pos<-matchMotifs（例如motifs，peaks，genome=“hg19”，out=“位置”）打印（motiv_pos）## -----------------------------------------------------------------------------系统。日期（）## -----------------------------------------------------------------------------sessionInfo（）