##----消息=假，警告=假，包含=假------------------------------knitr:：opts_chunk$set（echo=TRUE，message=FALSE，warning=FALSE，dpi=80）suppressWarnings（库（ggplot2））##----评估=错误---------------------------------------------------------------#如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））{#install.packages（“BiocManager”）# }# #BiocManager:：install（“hoodscanR”）##----评估=错误---------------------------------------------------------------#devtools:：install_github（“DavisLaboratory/hoodscanR”）## -----------------------------------------------------------------------------库（连帽衫R）图书馆（空间实验）图书馆## -----------------------------------------------------------------------------数据（“spe_test”）spe<-readHoodData（spe，anno_col=“celltypes”）## -----------------------------------------------------------------------------spe（特殊用途）## -----------------------------------------------------------------------------列数据（spe）##----图宽度=7，图高度=4------------------------------------------------col.pal<-c（“红色3”、“皇家蓝”、“金色”、“青色2”、“紫色3”和“深绿色”）plotIssue（spe，color=cell_annotation，size=1.5，alpha=0.8）+scale_color_manual（值=col.pal）## -----------------------------------------------------------------------------fnc<-findNearCells（spe，k=100）## -----------------------------------------------------------------------------重叠（fnc，函数（x）x[1:10，1:5]）## -----------------------------------------------------------------------------pm<-scanHoods（fnc$距离）## -----------------------------------------------------------------------------下午[1:10，1:5]## -----------------------------------------------------------------------------发动机罩<-mergeByGroup（pm，fnc$cells）## -----------------------------------------------------------------------------发动机罩[1:10，]##----图宽=5，图高=4------------------------------------------------plotHoodMat（机罩，n=10，hm_height=5）##----图宽=5，图高=4------------------------------------------------plotHoodMat（机罩，targetCells=c（“Lung9_Rep1_5_1975”，“Lung9-Rep1_5_2712”），hm_height=3）## -----------------------------------------------------------------------------spe<-mergeHoodSpe（spe，发动机罩）## -----------------------------------------------------------------------------spe<-calcMetrics（spe，pm_cols=列名（防护罩））##----图宽度=7，图高度=4------------------------------------------------plotIssue（spe，大小=1.5，颜色=熵）+scale_color_scico（调色板=“东京”）##----图宽=7，图高=4------------------------------------------------plotIssue（spe，大小=1.5，颜色=困惑）+scale_color_scico（调色板=“东京”）##----图宽=6，图高=4------------------------------------------------plotColocal（spe，pm_cols=列名（机罩））## -----------------------------------------------------------------------------spe<-clustByHood（spe，pm_cols=列名（hood），k=10）##----图宽=6，图高=5------------------------------------------------plotProbDist（spe，pm_cols=列名（hood），by_cluster=TRUE，plot_all=TRUE，show_clusters=as.character（seq（10））##----图宽=7，图高=4------------------------------------------------plotIssue（spe，color=簇）## -----------------------------------------------------------------------------sessionInfo（）