##----包含=错误----------------------------------------------------------knitr:：opts_chunk$set(塌陷=真，comment=“#>”)##----评估=假---------------------------------------------------------------#if（！requireNamespace（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））#install.packages（“BiocManager”）#BiocManager:：install（“brendaDb”，依赖项=TRUE）##----设置，消息=FALSE-----------------------------------------------------if（！requireNamespace（“brendaDb”））{开发工具：：install_github（“y1zhou/brendaDb”）}## -----------------------------------------------------------------------------库（brendaDb）##----评估=错误---------------------------------------------------------------#brenda.filepath<-下载brenda（）##>请阅读下面链接中的许可协议。# #># #> https://www.brenda-enzymes.org/download_brenda_without_registration.php# #>##>在缓存中找到zip文件。##>正在解压缩zip文件。。。##----评估=假---------------------------------------------------------------#df<-ReadBrenda（brenda.filepath）##>正在读取BRENDA文本文件。。。##>将文本转换为列表。这可能需要一段时间。。。##>正在将列表转换为tibble并删除重复条目。。。##>如果要再次使用此数据，请考虑使用data.table:：fwrite（）保存此表。## -----------------------------------------------------------------------------brenda_txt<-system.file（“extdata”，“brenda_download_test.txt”，package=“brendaDb”）df<-读brenda（brenda_txt）res<-QueryBrenda（df，EC=c（“1.1.1.1”，“6.3.5.8”），n.core=2）物件资源[[“1.1.1.1”]]## -----------------------------------------------------------------------------显示字段（df）res<-QueryBrenda（df，EC=“1.1.1.1”，字段=c（“蛋白质”，“底物_产品”））res[[“1.1.1.1”]][[“相互作用”]][[“底物.产品”]]## -----------------------------------------------------------------------------res<-QueryBrenda（df，EC=“1.1.1.1”，有机体=“智人”）资源$`1.1.1.1`## -----------------------------------------------------------------------------res<-QueryBrenda（df，EC=c（“1.1.1.1”，“6.3.5.8”），n.core=2）ExtractField（res，field=“parameters$ph.optimal”）## -----------------------------------------------------------------------------ID2酶（brenda=df，ids=c（“ADH4”，“CD38”，“丙酮酸脱氢酶”）##----评估=错误---------------------------------------------------------------#EC.numbers<-head（唯一（df$ID），100）#system.time（QueryBrenda（df，EC=EC.numbers，n.core=0））#default#消耗的用户系统数量# # 4.528 7.856 34.567#system.time（QueryBrenda（df，EC=EC.numbers，n.core=1））#消耗的用户系统数量# # 22.080 0.360 22.438#system.time（QueryBrenda（df，EC=EC.numbers，n.core=2））#消耗的用户系统数量# # 0.552 0.400 13.597#system.time（QueryBrenda（df，EC=EC.numbers，n.core=4））#消耗的用户系统数量# # 0.688 0.832 9.517#system.time（QueryBrenda（df，EC=EC.numbers，n.core=8））#消耗的用户系统数量# # 1.112 1.476 10.000## -----------------------------------------------------------------------------sessionInfo（）