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1概述

这个凹凸矩阵类提供复杂不规则数据结构的表示-请参阅凹凸矩阵包以获取更多信息。这用于将免疫库、空间转录组学和药物反应数据强制转换为熟悉的2D阵列，以便于操作。这个雪花石膏浮雕包允许用户保存凹凸矩阵在雪花石膏框架.

2保存凹凸矩阵

让我们做一个凹凸矩阵以证明：

库（BumpyMatrix）库（S4Vectors）df<-数据帧（x=runif（100），y=runiv（100））f<-系数（样本（字母[1:20]，nrow（df），替换=TRUE），字母[1:20]）mat<-凹凸矩阵（分割（df，f），c（5，4））

将其保存到文件涉及调用保存对象:

图书馆（雪花石膏，凹凸不平）tmp<-tempfile（）保存对象（mat，tmp）list.files（tmp，递归=TRUE）
##[1]“concatenated/basic_columns.h5”“concatened/OBJECT”##[3]“OBJECT”“partitions.h5”

三加载凹凸矩阵

加载过程比保存的元数据更简单凹凸矩阵记得它是如何保存的。我们可以用雪花石膏.base:：readObject（）或相关功能，R界面将自动完成其余操作。

读取对象（tmp）
##5 x 4凹凸数据帧矩阵##行名称：NULL##列名：NULL##预览[1,1]：##具有6行2列的DataFrame##x年##＜数字＞＜数字＞##   1  0.548498 0.5409031##   2  0.378898 0.3659928##   3  0.370257 0.0660732##   4  0.982227 0.5116724##   5  0.523310 0.7644937##   6  0.771950 0.1852104

会话信息

sessionInfo（）
##R版本4.4.0测试版（2024-04-15 r86425）##平台：x86_64-pc-linux-gnu##运行于：Ubuntu 22.04.4 LTS## ##矩阵产品：默认##BLAS:/home/biocbuild/bbs-3.19-bioc/R/lib/libRblas.so##LAPACK:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/LAPACK/liblapack.so.3.10.0## ##区域设置：##[1]LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C##[3]LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8##[5]LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-9##[7]LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C##[9]LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C##[11]LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C## ##时区：美国/纽约##tzcode源代码：系统（glibc）## ##附加的基本包：##[1]stats4统计数据图形grDevices实用程序数据集方法##[8]底座## ##其他附加包：##[1]雪花石膏.bumpy_1.4.0雪花石膏.base_1.4.0 S4Vectors_0.42.0##[4]BiocGenerics_0.50.0凹凸矩阵_1.12.0 BiocStyle_2.32.0## ##通过命名空间加载（未附加）：##[1]cli_3.6.2针织品_1.46 rlang_1.1.3##[4]xfun_0.43 jsonlite_1.8.8 htmltools_05.8.1##[7]sass_0.4.9 rmarkdown_2.26网格_4.4.0##[10]评估_0.23 jquerylib_0.1.4 fastmap_1.1.1##[13]Rhdf5lib_1.26.0雪花石膏.schemas_1.4.0 yaml_2.3.8##[16]IRanges_2.38.0生命周期_1.0.4 bookdown_0.39##[19]BiocManager_1.30.22编译器.4.0 Rcpp_1.0.12##[22]rhdf5滤波器_1.1.6.0 rhdf5_2.48.0网格_0.22-6##[25]摘要_0.6.35 R6_2.5.1 bslib_0.7.0##[28]矩阵_1.7-0工具_4.4.0缓存_1.0.8