##----style,eval=TRUE,echo=FALSE,results='asis'--------------------------BiocStyle::latex(use.unstrurl=FALSE)##----echo=真,eval=假--------------------------------------------------#库(PROPER)#模拟选项。张=RNAseq。SimOptions.2grp(ngenes=20000,p.DE=0.05,#lOD=“cheung”,lBaselineExpr=“cheng”)##----echo=真,eval=假--------------------------------------------------#模拟选项。底部=核糖核酸序列。SimOptions.2grp(ngenes=20000,p.DE=0.05,#lOD=“底部”,lBaselineExpr=“底部“)##----echo=真,eval=假,result=假-------------------------------------#simres=runSims(Nreps=c(3,5,7,10),sim.opts=sim.opts。张,#DEmethod=“edgeR”,nsims=20)##----echo=真,eval=假--------------------------------------------------#功率=比较功率(simres,alpha.type=“fdr”,alpha.natical=0.1,#分层.by=“expr”,δ=0.5)##----echo=真,eval=假--------------------------------------------------#summaryPower(权力)##----eval=FALSE,echo=TRUE--------------------------------------------------#绘图电源(电源)##----eval=FALSE,echo=TRUE--------------------------------------------------#plotPowerTD(功率)##----eval=FALSE,echo=TRUE--------------------------------------------------#plotFDcost(功率)##----echo=真,eval=假--------------------------------------------------#plotAll(电源)##----echo=真,eval=假--------------------------------------------------#power.seqDepth(simres,powers)##----echo=真,eval=假--------------------------------------------------#功率=比较功率(simres,alpha.type=“fdr”,alpha.natical=0.1,#地层=c(0,10,2^(1:7)*10,Inf),过滤方式=“expr”,#strata.filtered=1,stratify.by=“expr”,delta=0.5)##----echo=真,eval=假--------------------------------------------------#功率=比较功率(simres,alpha.type=“fdr”,alpha.natical=0.1,#分层.by=“分散”,target.by=”effectsize“,delta=1)##----echo=真,eval=假--------------------------------------------------#功率=比较功率(simres,alpha.type=“pval”,alpha.natical=0.001,#分层.by=“分散”,target.by=”effectsize“,delta=1)##----回波=真,结果=真------------------------------------------------sessionInfo()