##----设置，包括=假-----------------------------------------------------knitr:：opts_chunk$set（消息=假，警告=假）##----加载包，消息=假-------------------------------------------图书馆（MEAL）库（brgedata）库（MultiDataSet）库（甲基错误）图书馆（minfi）库（GenomicRanges）库（ggplot2）##----甲基化数据---------------------------------------------------------数据（brge_methy）brge_方法列数据（brge_methy）##----表达式数据----------------------------------------------------------数据（brge_gexp）浏览器gexplapply（pData（brge_gexp），表）## -----------------------------------------------------------------------------目标范围<-G范围（“chr11:102600000-103300000”）##----方法分析------------------------------------------------------------单元格计数<-colnames（colData（brge_methy））[3:9]methRes<-runDiffMeanAnalysis（集合=brge_methy，模型=公式（粘贴（“~sex+”，粘贴（cellCounts，折叠=“+”））方法Res名称（methRes）##----绘制QQ1----------------------------------------------------------------plot（methRes，rid=“DiffMean”，type=“qq”）##----曼哈顿---------------------------------------------------------------targetRangeNum<-GRanges（“11:102600000-103300000”）plot（methRes，rid=“DiffMean”，type=“manhattan”，main=“Differences in Means”，highlight=targetRangeNum）##----展会-----------------------------------------------------------------targetRange<-G范围（“chr11:102600000-103300000”）gexpRes<-runDiffMeanAnalysis（集合=brge_gexp，模型=~sex）名称（gexpRes）##----绘制QQ exp 1------------------------------------------------------------plot（gexpRes，rid=“DiffMean”，type=“qq”）##----火山gexp-------------------------------------------------------------plot（gexpRes，rid=“DiffMean”，type=“voltage”）+ggtitle（“平均值差异”）##----曼哈顿gexp----------------------------------------------------------目标范围<-G范围（“chr11:102600000-103300000”）plot（gexpRes，rid=“DiffMean”，type=“manhattan”，main=“Differences in Means”，highlight=targetRangeNum）##----区域地块2 exp------------------------------------------------------plotRegion（rset=methRes，rset2=gexpRes，range=targetRange）##----新的多维实验-------------------------------------------------------多<-createMultiDataSet（）多<-add_genexp（多，brge_gexp）多<-add_methy（多，brge_methy）## -----------------------------------------------------------------------------multi.filt<-multi[，targetRange]##----校正方法实验------------------------------------------------------------methExprs<-crelationMethExprs（multi.filt）头部（methExprs）##----会话信息--------------------------------------------------------------sessionInfo（）