##----设置，包括=假-----------------------------------------------------knitr:：opts_chunk$set（消息=假，警告=假）##----消息=FALSE----------------------------------------------------------图书馆（MEAL）库（MultiDataSet）库（minfiData）图书馆（minfi）库（ggplot2）数据（“MsetEx”）##----梅西子集-------------------------------------------------------------meth<-mapToGenome（比率转换（MsetEx））行数据（方法）<-getAnnotation（方法）[，-c（1:3）]##取下测量SNP的探针甲基化位点（meth）##移除带有SNP的探针meth<-dropLociWithSnps（meth）##移除带有NA的探针meth<-meth[！apply（getBeta（meth），1，function（x）any（is.na（x））），]##选择样本子集set.seed（0）meth<-meth[样品（nrow（meth），100000），]##----管道，警告=假，评估=假-----------------------------------#res<-runPipeline（set=meth，variable_names=“status”）##----管道调整，警告=假---------------------------------------------resAdj<-runPipeline（set=meth，variable_names=“status”，协变量名称=“年龄”，分析=c（“DiffMean”，“DiffVar”）resAdj（资源调整）## -----------------------------------------------------------------------------名称（resAdj）## -----------------------------------------------------------------------------头部（getAssociation（resAdj，“DiffMean”）head（getAssociation（resAdj，“DiffVar”））##----获取Probe Res几个系数----------------------------------------------头部（获取ProbeResults（resAdj，rid=1，coef=2:3，fNames=c（“染色体”，“开始”））##----获取GeneVals--------------------------------------------------------------getGeneVals（resAdj，“ARMS2”，genecol=“UCSC_RefGene_Name”，fNames=c（“染色体”，“启动”）##----曼哈顿1--------------------------------------------------------------目标范围<-G范围（“23:1300000-23000000”）plot（resAdj，rid=“DiffMean”，type=“manhattan”，highlight=targetRange）plot（resAdj，rid=“DiffMean”，type=“manhattan”，subset=targetRange）##----曼哈顿2--------------------------------------------------------------plot（resAdj，rid=“DiffMean”，type=“manhattan”，suggestiveline=3，genomewideline=6，main=“我的曼哈顿定制”）abline（h=13，col=“黄色”）##----火山1----------------------------------------------------------------plot（resAdj，rid=“DiffMean”，type=“voltage”，tPV=14，tFC=0.4，show.labels=FALSE）+ggtitle（“我的自定义火山”）##----QQ-----------------------------------------------------------------------plot（resAdj，rid=“DiffMean”，type=“qq”）+ggtitle（“我的自定义QQplot”）##----Plot_Features，警告=FALSE-------------------------------------------plotFeature（set=meth，feat=“cg09383816”，variables=“status”）+ggtitle（“差异平均数”）plotFeature（set=meth，feat=“cg11847929”，variables=“status”）+ggtitle（“差异变量”）##----区域地块1----------------------------------------------------------目标范围<-G范围（“chrX:130000000-14000000”）plotRegion（resAdj，目标范围）##----区域地块2----------------------------------------------------------plotRegion（resAdj，targetRange，结果=c（“DiffMean”），tPV=10）##----DiffMean，eval=假---------------------------------------------------#resDM<-runDiffMeanAnalysis（集合=方法，模型=状态）##----DiffVar，eval=假----------------------------------------------------#resDV<-runDiffVarAnalysis（集合=方法，模型=状态，系数=2）##----印度存托凭证----------------------------------------------------------------------目标范围<-G范围（“chrX:13000000-23000000”）resRDA<-runRDA（set=meth，model=~status，range=targetRange）##----RDA资源------------------------------------------------------------------getAssociation（resRDA，rid=“RDA”）##----获取RDA结果------------------------------------------------------------获取RDA结果（resRDA）##----顶级RDA---------------------------------------------------------------topRDA位（resRDA）##----绘制RDA------------------------------------------------------------------plotRDA（object=resRDA，phen=colData（meth）[，“status”，drop=FALSE]）##----绘制RDA 2----------------------------------------------------------------plotRDA（object=resRDA，phen=colData（meth）[，“status”，drop=FALSE]）abline（h=-1）##----会话信息-------------------------------------------------------------sessionInfo（）