##----代码，echo=FALSE-------------------------------------------------------代码<-函数（…）{cat（粘贴（…，sep=“\n”））}date=“`r doc_date（）`”pkg=“`r pkg_ver（'BiocStyle'）`”##----lastz，eval=FALSE，echo=TRUE---------------------------------------------###lastz校准器#assemblyDir<-“/Users/gtan/OneDrive/Project/CSC/CNEr/2bit”#axtDir<-“/Users/gtan/OneDrive/Project/CSC/CNEr/axt”#assemblyTarget<-file.path（system.file（“extdata”，#package=“BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10”），#“single_sequences.2bit”）#assemblyQuery<-file.path（system.file（“extdata”，#package=“BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38”），#“single_sequences.2bit”）#lavs<-lastz（assemblyTarget，assemblyQuery，#outputDir=axtDir，#chrsTarget=c（“chr1”、“chr2”、“chr3”），#chrsQuery=c（“chr1”、“chr2”、“chr3”），#distance=“远”，mc.cores=4）# ###lav文件到psl文件的转换#psls<-lavToPsl（lavs，removeLav=FALSE，binary=“lavToPml”）##----最后，eval=FALSE，echo=TRUE----------------------------------------------###构建lastdb索引#system2（command=“lastdb”，args=c（“-c”，file.path（assemblyDir，“danRer10”），#文件.path（assemblyDir，“danRer10.fa”）# ###运行最后一个对齐器#lastal（db=file.path（assemblyDir，“danRer10”），#queryFn=file.path（assemblyDir，“hg38.fa”），#outputFn=文件路径（axtDir，“danRer10.hg38.maf”），#distance=“far”，binary=“lastal”，mc.cores=4L）# ###maf到psl#psls<-file.path（axtDir，“danRer10.hg38.psl”）#system2（command=“maf-convert”，args=c（“psl”，#文件路径（axtDir，“danRer10.hg38.maf”），#“>”，psls））##----链，eval=FALSE，echo=TRUE---------------------------------------------###连接紧密对齐#链<-axtChain（psls，assemblyTarget=装配目标，#assemblyQuery=装配查询，距离=“远”，#removePsl=FALSE，binary=“axtChain”）# ###排序和合并#allChain<-chainMergeSort（chains，assemblyTarget，assemplyQuery，#allChain=文件路径（axtDir，#粘贴0（sub（“\\.2bit$”，“”，basename（assemblyTarget），#ignore.case=TRUE），“.”，#sub（“\\.2bit$”，“”，basename（assemblyQuery），#ignore.case=TRUE），“.all.chain”），#removeChains=FALSE，binary=“chainMergeSort”）##----净额结算，eval=FALSE，echo=TRUE-------------------------------------------###过滤掉链#allPreChain<-chainPreNet（allChain，assemblyTarget，assemplyQuery，#allPreChain=文件路径（axtDir，#粘贴0（sub（“\\.2bit$”，“”，#basename（assemblyTarget），#ignore.case=真），“.”，#sub（“\\.2bit$”，“”，#basename（assemblyQuery），#ignore.case=真），#“.all.pre.chain”）），#removeAllChain=FALSE，binary=“chainPreNet”）# ###保留最佳链并添加同步信息#netSyncenicFile<-chainNetSyncenic（allPreChain，assemblyTarget，assemplyQuery，#netSyntenicFile=文件路径（axtDir，#粘贴0（sub（“\\.2bit$”，“”，#basename（assemblyTarget），#ignore.case=真），“.”，#sub（“\\.2bit$”，“”，#basename（assemblyQuery），#ignore.case=真），#“.noClass.net”）），#binaryChainNet=“chainNet”，binaryNetSyncenic=“netSyncenic”）##----axtNet，eval=FALSE，echo=TRUE--------------------------------------------#netToAxt（netSyncenicFile、allPreChain、assemblyTarget、assemplyQuery、，#axtFile=文件路径（axtDir，#粘贴0（sub（“\\.2bit$”，“”，#基本名称（assemblyTarget），#ignore.case=真），“.”，#sub（“\\.2bit$”，“”，#basename（assemblyQuery），#ignore.case=真），#“.net.axt”），#删除文件=FALSE，#binaryNetToAxt=“netToAxt”，binaryAxtPort=“axtSort”）# ##----sessionInfo，echo=FALSE--------------------------------------------------sessionInfo（）