##----设置，echo=FALSE--------------------------------------------------------图书馆（knitr）选项（宽度=80）##----缠绕钩，echo=FALSE----------------------------------------------------hook_output=knit_hooks$get（“输出”）knit_hooks$set（输出=函数（x，选项）{#只有当线宽选项不为NULL时，才使用此挂钩if（！is.null（n<-options$linewidth））{x=knitr:：：split_lines（x）#任何比n宽的行都应该换行if（any（nchar（x）>n））x=strwrap（x，width=n）x=粘贴（x，折叠=“\n”）}挂钩输出（x，选项）})##----makeOrgPackageFromNCBI，评估=假---------------------------------------#库（AnnotationForge）#makeOrgPackageFromNCBI（版本=“0.1”，#author=“某个人",#maintainer=“某个人",#outputDir=“.”，#tax_id=“59729”，#gen属=“绦虫”，#species=“guttata”）##----makeOrgPackage，eval=FALSE-----------------------------------------------###为斑马雀数据制作生物体包。帧：#finchFile<-system.file（“extdata”，“finch_info.txt”，#package=“AnnotationForge”）#finch<-read.table（finchFile，sep=“\t”）# ###现在准备一些data.frames#fSym<-finch[，c（2,3,9）]#fSym<-fSym[fSym[，2]=“-”，]#fSym<-fSym[fSym[，3]="-",]#列名（fSym）<-c（“GID”、“SYMBOL”、“GENENAME”）# #fChr<-芬奇[，c（2,7）]#fChr<-fChr[fChr[，2]="-",]#列名（fChr）<-c（“GID”，“染色体”）# #finchGOFile<-system.file（“extdata”，“GO_finch.txt”，#package=“AnnotationForge”）#fGO<-read.table（finchGOFile，sep=“\t”）#fGO<-fGO[fGO[，2]="",]#fGO<-fGO[fGO[，3]="",]#列名（fGO）<-c（“GID”、“GO”、“证据”）# ###然后调用函数#makeOrgPackage（gene_info=fSym，染色体=fChr，go=fGO，#版本=“0.1”，#maintainer=“某个人",#author=“某个人",#outputDir=“.”，#tax_id=“59729”，#gen属=“绦虫”，#species=“guttata”，#goTable=“go”）# ###然后您可以根据返回值调用install.packages#install.packages（“./org.Tguttata.eg.db”，repos=NULL）