速度捕捉器
单细胞速度工具包
生物导体版本:释放(3.19)
该软件包为单细胞RNA-seq数据中的RNA速度计算提供了Bioconductor友好包装器。我们使用basilisk包管理Conda环境,使用zellkonverter包在SingleCellExperiment(R)和AnnData(Python)之间转换数据结构。速度方法生成的信息存储在SingleCellExperiment类的各个组件中。
作者:Kevin Rue-Albrecht【aut,cre】,亚伦·伦[aut]夏洛特·索内森,迈克尔·斯塔德勒[aut]
维护人员:Kevin Rue-Albrecht<kevinrue67 at gmail.com>
引文(从R中输入引文(“velociraptor”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“速度捕捉器”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“速度捕捉器”)
细节
生物视图 |
新闻报道,基因表达式,排序,单个单元格,软件 |
版本 |
1.14.3 |
在生物导体中 |
生物柴油3.12(R-4.0)(4年) |
许可证 |
MIT+文件许可证 |
取决于 |
总结性实验 |
进口 |
方法、统计信息、,矩阵,生物遗传学,网状的,S4载体,DelayedArray(延迟阵列),蛇怪,zellkonverter公司,舷窗,单细胞实验,生物并行,BiocSingular公司 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/kevinrue/velociraptor网站 |
错误报告 |
https://github.com/kevinrue/velociraptor/issues |
查看更多
建议 |
仿生风格,测试那个,针织物,rmarkdown公司,pkg向下,尖叫声,散射,单链核糖核酸酶,Rtsne公司、图形、grDevices、,ggplot2,奶牛场,GGally公司,拼凑,米R |
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增强功能 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。