纠缠

系统发育网络的可视化

生物导体版本：释放（3.19）

提供了绘制分裂（或隐式）网络（无根、无向）和显式网络（有根、有向）以及网状延伸的功能。”ggtree和使用ape和phangorn中的函数。它扩展了“ggtree”包[@Yu2017]，允许使用“ggplot2”语法可视化系统发育网络。它为“猿类”天堂和舍利普（2019）中已有的情节功能提供了另一种选择和“潘戈恩”·施利普（2011）.

作者：克劳斯·施利普[aut，cre]、玛尔塔·维达尔·加西亚[aut]、克劳迪娅·索利斯·莱姆斯[aut'、Leann Biancani[aut]、Eren Ada[aut'、L.Francisco Henao Diaz[aut]、Guanghuang Yu[ctb]

维护人员：克劳斯·施利普（Klaus Schliep）<Klaus.Schliep at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“纠缠”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“纠缠”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“纠缠”）

*纠缠：Visualización de redes filogenéticas con ggplot2	HTML格式	R脚本
*tongle：在ggplot2框架中系统发育网络的可视化	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	对齐,群集,数据导入,多序列对齐,系统发育学,软件,可视化
版本	1.10.0
在生物导体中	生物柴油3.14（R-4.1）（3年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=4.1），ggplot2(>= 2.2.0),ggtree（ggtree）
进口	猿(>= 5.0),潘戈恩（>=2.5），实用程序，方法
系统要求
统一资源定位地址	https://klausvigo.github.io/tanggle网站 https://github.com/KlausVigo/tanggle
错误报告	https://github.com/KlausVigo/tanggle/issues

建议	小测试,仿生风格,吉马格,针织物,rmarkdown公司
链接到
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取决于我
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建议我
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生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	探戈_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	探戈_1.10.0.zip
macOS二进制（x86_64）	探戈_1.10.0.tgz
macOS二进制（arm64）	探戈_1.10.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tanggle
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/探戈
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/tanggle网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/tanggle/
软件包下载报告	下载统计信息