st连接计数
stJoincount—用于量化簇之间空间相关性的连接计数统计
生物导体版本:释放(3.19)
stJoincount有助于将连接计数分析应用于10x Genomics Visium平台生成的空间转录组数据。该工具首先将标记的空间组织图转换为光栅对象,其中每个空间特征由通过标签分配编码的像素表示。该过程包括自动计算样品的最佳光栅分辨率和范围。然后从光栅化样本创建邻居列表,其中识别每个像素的相邻邻居和对角邻居。将二进制空间权重添加到相邻列表后,将执行多类别连接计数分析,以将所有可能的标签对组合之间的“连接”制成表格。该函数返回观察到的连接计数、空间随机性条件下的预期计数以及非自由采样下计算的方差。然后,将z分数计算为观察计数与预期计数之间的差值除以方差的平方根。
作者:宋嘉荣[cre,aut],拉妮娅·巴西奥尼[aut],大卫·克雷格[aut'
维护人员:宋嘉荣<宋嘉儿在usc.edu>
引文(从R中输入引文(“stJoincount”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“stJoincount”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“stJoincount”)
细节
生物视图 |
生物视图,群集,软件,空间,转录组学 |
版本 |
1.6.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.16(R-4.2)(2年) |
许可证 |
MIT+文件许可证 |
取决于 |
R(>=4.2.0) |
进口 |
图形、统计数据,dplyr公司,马格里特,服务提供商,光栅,spdep公司,ggplot2,情势图,gr设备,修拉,空间实验,总结性实验 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/Nina-Song/stJoincount网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。