回转
单细胞RNA-Seq数据的因子潜在变量建模
生物导体版本:释放(3.19)
slalom是一个可扩展的单细胞RNA-seq数据建模框架,它使用基因集注释来剖析单细胞转录组的异质性,从而能够识别细胞间变异的生物学驱动因素并对混杂因素进行建模。该方法使用贝叶斯因子分析和潜在变量模型来识别解释单细胞RNA-seq数据集中变异的活性途径(由用户选择,例如KEGG途径)。这是f-scLVM Python包的R/C++实现。请参阅描述该方法的出版物https://doi.org/10.1186/s13059-017-1334-8。
作者:Florian Buettner[aut]、Naruemon Pratanwanich[aut]、Davis McCarthy[aut,cre]、John Marioni[aut)、Oliver Stegle[aut
维护人员:戴维斯·麦卡锡(Davis McCarthy)
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“回转”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“回转”)
细节
生物视图 |
尺寸缩减,基因表达式,免疫肿瘤学,KEGG公司,规范化,RNA序列,反应途径,排序,单个单元格,软件,转录组学,可视化 |
版本 |
1.26.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.6(R-3.4)(7年) |
许可证 |
GPL-2型 |
取决于 |
R(>=4.0) |
进口 |
卢比(>= 0.12.8),RcppArmadillo公司,伯克希尔哈撒韦,ggplot2,网格,GSEA基地、方法、,rsvd公司,单细胞实验,总结性实验,统计信息 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
|
查看更多
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。