站点路径
基于系统发育的位点多态性序列聚类
生物导体版本:释放(3.19)
使用位点多态性是聚类DNA/蛋白质序列的方法之一,但在单个位点上具有相同多态性的序列可能存在遗传距离。该软件包旨在使用位点多态性及其相应的系统发育树对序列进行聚类。通过考虑它们在树上的位置,只对结构上相邻的序列进行聚类。然而,相邻序列可能不一定具有相同的多态性。因此,我们使用一种类似分枝定界的算法来最小化代表每个簇的站点多态性纯度的熵。
作者:Ji Chengyang[aut,cre,cph]程阳(音译)、周航、吴爱平
维护人员:Ji Chengyang Ji校友会
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“sitePath”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“站点路径”)
细节
生物视图 |
对齐,多序列对齐,系统发育学,SNP公司,软件 |
版本 |
1.20.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.9(R-3.6)(5.5年) |
许可证 |
MIT+文件许可证 |
取决于 |
R(>=4.1) |
进口 |
R彩色啤酒,卢比,猿,大量,ggplot2,gg排斥,ggtree(ggtree),图形,grDevices,额外网格,方法,并行,顺序,统计,潮树,实用程序 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://wuaipinglab.github.io/site网站路径/ |
错误报告 |
https://github.com/wuaipinglab/sitePath/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。