序列热点

基于突变热点的靶向测序面板设计

生物导体版本：释放（3.19）

seq.hotSPOT为设计有效的测序面板提供了资源，以帮助提高超深测序项目的突变捕获效率。利用SNV数据集，该软件包为任何感兴趣的组织设计定制面板，并确定可能包含最多突变的基因组区域。建立有效的靶向测序小组可以让研究人员在没有全基因组或全基因组测序的经济负担的情况下，深入研究组织中的突变负担。开发该工具是为了制作高深度测序面板，研究临床正常和癌组织中的低频克隆突变。

作者：Sydney Grant[aut，cre]，Lei Wei[aut]，Gyorgy Paragh[aut'

维护人员：悉尼格兰特<Sydney.Grant at roswellpark.org>

引文（从R中输入引文（“seq.hotSPOT”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“seq.hotSPOT”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“seq.hotSPOT”）

热点小插曲	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	DNASeq公司,排序,软件,技术,全基因组
版本	1.4.0
在生物导体中	生物柴油3.17（R-4.3）（1.5年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=3.5.0）
进口	R.utils公司,搞砸、stats、base、utils
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/sydney-grant/seq.hotSPOT
错误报告	https://github.com/sydney-grant/seq.hotSPOT/问题

建议	仿生风格,针织物,rmarkdown公司,测试那个(>= 3.0.0)
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	序列.hotSPOT_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	seq.hotSPOT_1.4.0.zip（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	序列.hotSPOT_1.4.0.tgz
macOS二进制（arm64）	序列.hotSPOT_1.4.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seq.hotSPOT
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/seq.hotSPOT
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/seq.hotSPOT/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/seq.hotSPOT/
软件包下载报告	下载统计信息