sc设计3
单细胞和空间组学的真实计算机数据生成和统计模型推理的统一框架
生物导体版本:释放(3.19)
我们提出了一个统计模拟器scDesign3,通过从实际数据中学习可解释参数,生成真实的单细胞和空间组学数据,包括各种细胞状态、实验设计和特征模式。scDesign3使用单细胞和空间组学数据的统一概率模型推断有生物学意义的参数;评估推断细胞簇、轨迹和空间位置的良好性;并生成用于基准计算工具的电子负面和正面控制。
作者:宋东元[aut,cre],王庆阳[aut]
维护人员:东园歌<加州大学洛杉矶分校东园歌>
引文(从R中输入引文(“scDesign3”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“scDesign3”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“scDesign3”)
细节
生物视图 |
基因表达式,排序,单个单元格,软件,空间 |
版本 |
1.2.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.18(R-4.3)(1年) |
许可证 |
MIT+文件许可证 |
取决于 |
R(>=4.3.0) |
进口 |
dplyr公司,易怒的,统计信息,方法,mgcv公司,形状的广义可加模型,gamls.dist公司,总结性实验,单细胞实验,麦克卢斯特,mvtnorm公司,平行,pbmcapply公司,rvinecopulib公司,乌玛,ggplot2,厄尔巴,翡翠色,生物并行,矩阵统计,矩阵,稀疏MVN,笼子 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/SONGDONGYUAN1994/scDesign3网站 |
错误报告 |
https://github.com/SONGDONGYUAN1994/scDesign3/issues网站 |
查看更多
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。