scDblFinder

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生物导体版本:释放(3.19)

scDblFinder软件包收集了检测和处理单细胞测序数据中双/多个细胞的各种方法(即在同一液滴或反应体积内捕获的多个细胞)。它包括以前在scran包中发现的方法,新的快速和全面的scDblFinder方法,以及针对单细胞ATAC-seq的Amulet检测方法的重新实现。

作者:皮埃尔·卢克·日尔曼[cre,aut],亚伦·伦

维护人员:皮埃尔·卢克·日尔曼

引文(从R中输入引文(“scDblFinder”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“scDblFinder”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“scDblFinder”)
1_简介 HTML格式 R脚本
2_scDbl查找器 HTML格式 R脚本
3_find双色聚类 HTML格式 R脚本
4_计算双密度 HTML格式 R脚本
5_翻盖双人床 HTML格式 R脚本
6_分ATAC HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 ATACSeq公司,预处理,RNA序列,单个单元格,软件
版本 1.18.0
在生物导体中 生物技术3.10(R-3.6)(5年)
许可证 GPL-3+文件许可证
取决于 R(>=4.0),单细胞实验
进口 记录仪,矩阵,生物遗传学,生物并行,生物邻居,BiocSingular公司,S4载体,总结性实验,尖叫声,散射,舷窗,咆哮、方法、,DelayedArray(延迟阵列),xgboost公司,统计数据,实用程序,MASS(质量),I范围,基因组范围,基因组信息Db,Rsamtools软件,无线电跟踪器
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/plger/scDblFinder网站 https://plger.github.io/scDblFinder网站/
错误报告 https://github.com/plger/scDblFinder/issues
查看更多
建议 仿生风格,针织物,rmarkdown公司,测试那个,单链核糖核酸酶,绕圈子,复杂热图,ggplot2,数字播放器,绿柱石,mbkmeans(百万美元)
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取决于我 OSCA.高级
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 scDblFinder_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 scDblFinder_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64) scDblFinder_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64) scDblFinder_1.18.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scDblFinder网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/scDblFinder
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/scDblFinder(网址:https://code。biocondustor.org/blowse/sc)/
包短Url https://bioconductor.org/packages/scDblFinder网站/
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