qm工具
定量代谢组学数据处理工具
生物导体版本:释放(3.19)
qmtools(定量代谢组学工具)包提供了使用标准SummarizedExperiment类处理定量代谢组数据的基本工具。这包括插补、归一化、特征过滤、特征聚类、降维和可视化功能,以帮助用户为统计分析准备数据。该软件包还提供了一种简便的方法来计算两组研究样本之间代谢特征不同的经验贝叶斯统计。该软件包中的几个函数也可以用于其他类型的组学数据。
作者:Joehyun[aut,cre],Blanca Himes[aut]
维护人员:Jaehyun Joo<outlook.com>上的jaehyunjoo
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“qmtools”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“qmtools”)
细节
生物视图 |
尺寸缩减,质谱学,代谢组学,规范化,预处理,软件 |
版本 |
1.8.0 |
在生物导体中 |
生物C 3.15(R-4.2)(2.5年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=4.2.0),总结性实验 |
进口 |
爱尔兰航空公司,ggplot2,拼凑,热铺层、方法、,MsCoreUtils(MsCore实用程序),统计,记录仪,VIM公司,规模,gr设备,图形,利马 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
https://github.com/HimesGroup/qmtools网站 |
错误报告 |
https://github.com/HimesGroup/qmtools/问题 |
查看更多
建议 |
Rtsne公司,miss森林,vsn(vsn),pca方法,请,消息功能,插补,插补LCMD,国家实验室,测试那个(>= 3.0.0),仿生风格,针织物,rmarkdown公司 |
链接到 |
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增强功能 |
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取决于我 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。