精确TAD
preciseTAD：用于精确TAD边界预测的机器学习框架
生物导体版本：释放（3.19）
preciseTAD提供了在基本分辨率下预测拓扑相关域（TAD）和染色质环边界位置的功能。作为输入，它采用从低分辨率Hi-C数据中检测到的域边界的BED格式的基因组坐标，以及ENCODE或其他联盟的高分辨率基因组注释的坐标。preciseTAD采用多种特征工程策略和重采样技术来解决类不平衡问题，并训练优化的随机森林模型来预测低分辨率域边界。在基准面上翻译，preciseTAD预测每个基准成为边界的概率。基于密度的聚类和可扩展分区技术用于检测精确的边界区域和顶点。与低分辨率边界相比，精确TAD边界对于CTCF、RAD21、SMC3和ZNF143信号高度富集，并且在细胞系中更加保守。预处理模型可以使用该细胞系的CTCF、RAD21、SMC3和ZNF143注释数据准确预测另一细胞系的边界。
作者：斯皮罗·斯蒂利亚努达基斯〔aut〕，米哈伊尔·多兹莫罗夫〔aut，cre〕
维护人员：米哈伊尔·多兹莫罗夫（Mikhail Dozmorov）
引文（从R中输入引文（“preciseTAD”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“preciseTAD”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“preciseTAD”）
细节
| 生物视图 |
分类,群集,特征提取,功能基因组学,HiC公司,排序,软件 |
| 版本 |
1.14.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.12（R-4.0）（4年） |
| 许可证 |
MIT+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.1） |
| 进口 |
S4载体,I范围,基因组范围,随机森林,ModelMetrics（模型度量）,e1071号,PRROC公司,pROC公司,插入符号，实用程序，集群,聚类算法,多斯诺,foreach公司,pbapply（应用程序），统计，并行，gtools公司,rCGH公司 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/dozmorovlab/preciseTAD |
| 错误报告 |
https://github.com/dozmorovlab/preciseTAD/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
