pmp（pmp）

代谢组学数据集的峰值矩阵处理和信号批量校正

生物导体版本：释放（3.19）

代谢组学数据集（即峰值矩阵）的（预）处理方法和工具，包括滤波、归一化、缺失值插补、缩放、信号漂移和批量效应校正方法。过滤方法基于：缺失值的分数（跨样本或特征）；根据质量控制（QC）样品计算的相对标准偏差（RSD）；空白样品。归一化方法包括概率商归一化（PQN）和信号总强度归一化。还为几种常用的缺失值插补算法提供了统一的用户界面。支持的方法有：k近邻（knn）、随机森林（rf）、贝叶斯PCA缺失值估计（bpca）、给定特征的平均值或中值以及常量小值。广义对数（glog）变换算法可用于稳定低强度和高强度质谱特征之间的差异。最后，该软件包提供了用于质谱数据集信号漂移和批处理效应校正的质量控制鲁棒样条校正（QCRSC）算法的实现。

作者：Andris Jankevics[aut]、Gavin Rhys Lloyd[aut，cre]、Ralf Johannes Maria Weber[aut]

维护人员：加文·莱斯·劳埃德（Gavin Rhys Lloyd）

引文（从R中输入引文（“pmp”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“pmp”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“pmp”）

代谢组学数据集的峰值矩阵处理	HTML格式	R脚本
信号漂移和批效应校正及质谱质量评估	HTML格式	R脚本
质谱分析中的信号漂移和批效应校正	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	BatchEffect（批次效果）,质谱学,代谢组学,质量控制,软件
版本	1.16.0
在生物导体中	生物柴油3.11（R-4.0）（4.5年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=4.0）
进口	统计数据，插补,pca方法,miss森林,ggplot2、方法、，总结性实验,S4载体,矩阵统计，gr设备，重塑2，实用程序
系统要求
统一资源定位地址

建议	测试那个,覆盖（covr）,针织物,rmarkdown公司,仿生风格,额外网格,魔法
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我	代谢组学工作台,structToolbox结构工具箱
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	pmp_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	pmp_1.16.0.zip文件
macOS二进制（x86_64）	pmp_1.16.0.tgz
macOS二进制（arm64）
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pmp
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/pmp
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/pmp/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/pmp/
软件包下载报告	下载统计信息