omics查看器
使用omicsViewer对SummarizedExpertionSet或ExpressionSet进行交互式探索性可视化
生物导体版本:释放(3.19)
omicsViewer以交互方式可视化ExpressionSet(或SummarizedExperiment)。omicsViewer具有独立的后端和前端。在后端,用户需要准备一个ExpressionSet,其中包含下游数据解释所需的所有信息。对表型数据或特征数据的标题提出了一些额外的要求,以便前端可以清楚地识别所提供的信息,同时对现有的ExpressionSet对象保持最小的修改。对R/Bioconductor的纯粹依赖保证了后端统计分析的最大灵活性。一旦准备好ExpressionSet,就可以使用前端对其进行可视化,通过闪亮和巧妙的方式实现。特征和样本都可以从(数据)表或图表(散点图/热图)中选择。不同类型的分析,如富集分析(使用Bioconductor软件包fgsea或fisher精确测试)和STRING网络分析,将在飞行中进行,并同时显示结果。当选择样本子集和表型变量时,对均值进行显著性检验(t检验或基于等级的检验;当表型变量是定量的时)或独立性检验(chi-square或fisher精确检验;当表现型数据是分类的时)将执行以测试感兴趣的表型与所选样本之间的关联。此外,其他分析可以很容易地添加为额外闪亮的模块。因此,omicsViewer将极大地促进数据探索,可以在短时间内探索许多不同的假设,而无需了解R。此外,使用闪亮的服务器可以轻松共享结果数据。否则,通过将omicsViewer与便携R集成,可以轻松创建omics Viewer的独立版本以及指定的omics数据,便携R可以与合作者共享,也可以作为补充数据与手稿一起提交。
作者:陈梦[aut,cre]
维护人员:陈萌<gmail.com>上的孟晨18
引文(从R中输入引文(“omicsViewer”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“omicsViewer”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“omicsViewer”)
细节
生物视图 |
差异表达式,GeneSet扩展,MotifDiscovery公司,网络,网络丰富,软件,可视化 |
版本 |
1.8.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.15(R-4.2)(2.5年) |
许可证 |
GPL-2型 |
取决于 |
R(>=4.2) |
进口 |
监督员,生存,快速比赛,重塑2,字符串,蜂群,gr设备,DT公司,闪亮的,发光体,闪亮小工具,巧妙地,网络D3,高温气冷堆,矩阵统计,R彩色啤酒,博科生物,fgsea公司,开放式xlsx,心理,闪亮的,ggseq标志,html小部件,图形,网格,统计,实用程序,方法,闪亮的牛仔裤,卷曲,flatxml,ggplot2,S4载体,总结性实验,RSQ网站,矩阵,小贩,收益率,数字版权所有 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/mengchen18/omicsViewer网站 |
错误报告 |
https://github.com/mengchen18/omicsViewer网站 |
查看更多
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。