omicRexposome体

Exposome和omic数据关联和集成分析


生物导体版本:释放(3.19)

omicRexpose系统化了暴露与omic数据之间的关联评估,利用MultiDataSet进行协调数据管理,利用rexpose定义暴露数据,利用limma进行关联测试。此外,还可以使用多共固有分析(omicade4)和多时间相关分析(PMA)进行混合exposome和omic数据的数据集成。

作者:卡尔斯·埃尔南德斯·费雷尔[aut,cre],胡安·冈萨雷斯[aut]

维护人员:Xavier EscribáMontagut<isglobal.org上的Xavier.esciba>

引文(从R中输入引文(“omicRexposome”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“omicRexpose”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“omicRexposome”)
公开与Omic数据的数据集成 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
许可证 文本

细节

生物视图 差异表达式,差异甲基化,表观遗传学,基因表达式,基因调控,免疫肿瘤学,多重比较,蛋白质组学,回归,软件,统计方法,转录组学,可视化,工作流步骤
版本 1.26.0
在生物导体中 生物技术3.6(R-3.4)(7年)
许可证 MIT+文件许可证
取决于 R(>=3.5.0),博科生物
进口 stats、utils、grDevices、图形、方法、,再膨胀体,利马,特别行政区,ggplot2,gg排斥,项目管理局,省略4,额外网格,多数据集,智能SVA,伊斯瓦,平行,总结性实验,字符串
系统要求
统一资源定位地址
查看更多
建议 仿生风格,针织物,rmarkdown公司,snpStats(snpStat),brge数据
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 omicRexposome_1.26.0.tar.gz公司
Windows二进制 omicRexpose_1.26.0.zip
macOS二进制(x86_64) omicRexpose_1.26.0.tgz
macOS二进制(arm64) omicRexpose_1.26.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/omicRexpose网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包装/omicRexsposome
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/omicRexposome网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/omicRexposome网站/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包 源存档