多GSEA

将基于GSEA的途径富集与多组学数据整合相结合


生物导体版本:释放(3.19)

来自8个不同数据库(KEGG、Reactome、Biocarta等)的路径提取特征可用于转录组学、蛋白质组学和/或代谢组学水平,以计算基于GSEA的综合富集分数。

作者:塞巴斯蒂安·坎兹勒,Jörg Hackermüller[aut]

维护人员:塞巴斯蒂安·坎兹勒(Sebastian Canzler)

引文(从R中输入引文(“multiGSEA”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“multiGSEA”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“multiGSEA”)
多GSEA.html HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 BioCarta公司,GeneSet扩展,路径,反应途径,软件
版本 1.14.0
在生物导体中 生物C 3.12(R-4.0)(4年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.0)
进口 马格里特,石墨,注释Dbi,代谢数据映射,dplyr公司,fgsea公司,元的,说唱歌手,爱尔兰航空公司,方法
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/yigbt/multiGSEA网站
错误报告 https://github.com/yigbt/multiGSEA/issues
查看更多
建议 组织Hs.eg.db,组织管理例会.db,组织Rn.eg.db,组织S.s.eg.db,组织Bt.eg.db,组织机构代码.db,组织结构图,组织博士eg.db,组织Gg.eg.db,组织Xl.eg.db,组织Cf.eg.db,针织物,rmarkdown公司,仿生风格,测试那个(>= 2.1.0)
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 多重GSEA_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 多GSEA_1.14.0.zip(仅64位)
macOS二进制(x86_64) 多GSEA_1.14.0.tgz
macOS二进制(arm64) 多GSEA_1.14.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multiGSEA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/multiGSEA
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/multiGSEA网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/multiGSEA网站/
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