多GSEA
将基于GSEA的途径富集与多组学数据整合相结合
生物导体版本:释放(3.19)
来自8个不同数据库(KEGG、Reactome、Biocarta等)的路径提取特征可用于转录组学、蛋白质组学和/或代谢组学水平,以计算基于GSEA的综合富集分数。
作者:塞巴斯蒂安·坎兹勒,Jörg Hackermüller[aut]
维护人员:塞巴斯蒂安·坎兹勒(Sebastian Canzler)
引文(从R中输入引文(“multiGSEA”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“multiGSEA”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览渐晕图(“multiGSEA”)
细节
生物视图 |
BioCarta公司,GeneSet扩展,路径,反应途径,软件 |
版本 |
1.14.0 |
在生物导体中 |
生物C 3.12(R-4.0)(4年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=4.0) |
进口 |
马格里特,石墨,注释Dbi,代谢数据映射,dplyr公司,fgsea公司,元的,说唱歌手,爱尔兰航空公司,方法 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
https://github.com/yigbt/multiGSEA网站 |
错误报告 |
https://github.com/yigbt/multiGSEA/issues |
查看更多
建议 |
组织Hs.eg.db,组织管理例会.db,组织Rn.eg.db,组织S.s.eg.db,组织Bt.eg.db,组织机构代码.db,组织结构图,组织博士eg.db,组织Gg.eg.db,组织Xl.eg.db,组织Cf.eg.db,针织物,rmarkdown公司,仿生风格,测试那个(>= 2.1.0) |
链接到 |
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增强功能 |
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取决于我 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。