记忆
混合嵌套效应模型
生物导体版本:释放(3.19)
混合嵌套效应模型(mnem)是嵌套效应模型的一个扩展,允许分析诸如Perturb-Seq(Dixit等人,2016)或Crop-Seq(Datlinger等人,2017)等方法提供的单细胞扰动数据。在这些实验中,许多细胞中的每一个都受到特定基因敲除的干扰,也就是说,几个细胞受到基因a敲除的扰动,几个细胞受基因B敲除的影响。。。等等。观察到的读数必须是多性状的,在Perturb-/Crop-Seq基因的情况下,是每个细胞的表达谱。mnem使用混合模型将细胞群同时聚类为k个簇,并推断k个网络因果连接每个簇的受扰基因。通过期望最大化算法推断混合物成分。
作者:马丁·皮尔克
维护人员:马丁·皮尔克尔<雅虎的马丁皮尔克尔>
安装
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如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“mnem”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
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浏览幻影(“mnem”)
细节
生物视图 |
ATAC当量,CRISPR公司,DNASeq公司,基因表达式,网络,网络推理,路径,池式屏幕,RNA序列,单个单元格,软件,系统生物学 |
版本 |
1.20.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.9(R-3.6)(5.5年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=4.1) |
进口 |
集群,图表,Rgraphviz公司,弗莱克斯集群,晶格,自然排序,降雪,统计4,坦桑尼亚先令,方法,图形,统计,实用程序,林诺姆,数据表,卢比,RcppEigen基因,矩阵统计,gr设备,e1071号,ggplot2,韦桑德森 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/cbg-ethz/mnem/ |
错误报告 |
https://github.com/cbg-ethz/mnem/issues网站 |
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程序包档案
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