miR海绵
miRNA海绵调控的鉴定与分析
生物导体版本:释放(3.19)
该软件包提供了多种功能,用于从推测的miRNA-靶相互作用或/和转录组学数据(包括体积、单细胞和空间基因表达数据)探索miRNA海绵(也称为ceRNA或miRNA诱饵)的调控。它提供了八种常用的识别miRNA海绵相互作用的方法,以及一种集成不同方法中miRNA海绵交互作用的综合方法,以及验证miRNA海绵互作用、推断miRNA海绵模块、进行miRNA海绵组件富集分析、,并对miRNA海绵模块进行存活分析。通过使用样本控制变量策略,它提供了推断样本特异性miRNA海绵相互作用的功能。根据样本特异性miRNA海绵相互作用,采用三种相似性方法构建样本相关网络。
作者:张俊鹏〔aut,cre〕
维护人员:张俊鹏(Junpeng Zhang)<zjp at dali.edu.cn>
引文(从R中输入引文(“miRspongeR”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“miRspongeR”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览渐晕图(“miRspongeR”)
细节
生物视图 |
生物医学信息学,基因表达式,微阵列,网络丰富,RNA序列,单个单元格,软件,空间,生存 |
版本 |
2.8.1 |
在生物导体中 |
生物技术3.9(R-3.6)(5.5年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=4.4.0) |
进口 |
公司,海绵,平行,记录仪,MCL公司,clusterProfiler(群集探查器),反应omePA,剂量,生存,gr设备,图形,统计,链接通信,实用程序,卢比,组织Hs.eg.db,foreach公司,do并行 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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错误报告 |
https://github.com/zhangjupeng411/miRspongeR/问题 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。