甲基Sig

MethylSig：WGBS和RRBS数据的差异甲基化测试

生物导体版本：释放（3.19）

MethylSig是一种用于在全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）或减少代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS）实验中测试差异甲基化胞嘧啶（DMCs）或区域（DMRs）的软件包。MethylSig使用β二项式模型测试样本组之间的显著差异。对于特定地点或滑动窗口测试以及方差估计，有几个选项。

作者：永世公园[aut]，雷蒙德·卡瓦尔坎特[aut，cre]

维护人员：Raymond G.Cavalcante＜在umich.edu的rcavalca＞

引文（从R中输入引文（“methylSig”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“甲基Sig”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“methylSig”）

生物视图	DNA甲基化,差异甲基化,表观遗传学,甲基Seq,回归,软件
版本	1.16.0
在生物导体中	生物柴油3.11（R-4.0）（4.5年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=3.6）
进口	bsseq公司,DelayedArray（延迟阵列）,延迟矩阵统计,决策支持系统,I范围,基因组信息Db,基因组范围，方法，并行，统计，S4载体
系统要求
统一资源定位地址
错误报告	https://github.com/sartorlab/methylSig/issues网站

建议	仿生风格,bsseq数据,针织物,rmarkdown公司,测试那个(>= 2.1.0),覆盖（covr）
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	甲基Sig_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	甲基Sig_1.16.0.zip
macOS二进制（x86_64）	甲基Sig_1.16.0.tgz
macOS二进制（arm64）	甲基Sig_1.16.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylSig网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包装/甲基Sig
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/methylSig网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/methylSig网站/
软件包下载报告	下载统计信息