百万深度

megadepth:BigWig和BAM相关的实用程序

生物导体版本：释放（3.19）

该软件包为Christopher Wilks的Megadepth提供了一个R接口，网址为https://github.com/ChristopherWilks/megadepth。它对于计算bigWig或BAM文件中一组基因组区域的覆盖率特别有用。有了这个包，您可以为您从BigWig文件中选择的区域或注释构建基本覆盖矩阵。Megadepth用于创建由https://bioconductor.org/packages/retail3。

作者：莱昂纳多·科拉多·托雷斯，David Zhang[aut，cre]

维护人员：大卫·张（David Zhang）<David.Zhang.12 at ucl.ac.uk>

引文（从R中输入引文（“megadepth”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“megadepth”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“megadepth”）

megadepth快速入门指南	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
安装	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	新闻报道,数据导入,预处理,RNA序列,软件,转录组学
版本	1.14.0
在生物导体中	生物C 3.12（R-4.0）（4年）
许可证	艺术-2.0
取决于
进口	xfun游戏，实用程序，英尺,基因组范围,阅读器,cmdfun公司,dplyr公司,马格里特
系统要求	百万深度()
统一资源定位地址	https://github.com/LieberInstitute/megadepth网站
错误报告	https://support.bioconductor.org/t/megadepth网站

建议	覆盖（covr）,针织物,仿生风格,sessioninfo（会话信息）,rmarkdown公司,无线电跟踪器,测深仪,基因组信息Db、工具、，参考管理器,测试那个
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	兆深_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	megadepth_1.14.0.zip码
macOS二进制（x86_64）	兆深_1.14.0.tgz
macOS二进制（arm64）	兆深_1.14.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/megadepth
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/百万深度
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/megadepth网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/megadepth/
软件包下载报告	下载统计信息