脂质
脂质组学数据集的数据挖掘与分析
生物导体版本:释放(3.19)
lipidr是一个易于使用的R包,实现了下游分析目标和非目标脂质组学数据的完整工作流。lipidomics结果可以作为数字矩阵或Skyline导出导入lipidr,从而集成到当前的分析框架中。脂质组学数据集的数据挖掘通过与代谢组学工作台API集成实现。lipidr允许数据检查、归一化、单变量和多变量分析,显示信息可视化。lipidr还实现了一种新的脂质集富集分析(LSEA),利用脂质类别、总链长度和不饱和度等分子信息。
作者:艾哈迈德·穆罕默德、艾哈迈德·穆罕默德[aut]、杰弗里·莫伦迪克[aut]
维护人员:艾哈迈德·穆罕默德(Ahmed Mohamed)<Mohamed at kuicr.kyoto-u.ac.jp>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“lipidr”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“lipidr”)
细节
生物视图 |
脂质组学,质谱学,规范化,质量控制,软件,可视化 |
版本 |
2.18.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.9(R-3.6)(5.5年) |
许可证 |
MIT+文件许可证 |
取决于 |
R(>=3.6.0),总结性实验 |
进口 |
方法、stats、utils,数据表,S4载体,爱尔兰航空公司,dplyr公司,三年,对于猫,ggplot2,利马,fgsea公司,ropls公司,插补LCMD,马格里特 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/ahmohamed/lipidr |
错误报告 |
https://github.com/ahmohamed/lipidr/issues网站/ |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。