列夫瑟

微生物生物标记物发现LEfSE方法的R实现

生物导体版本：释放（3.19）

lefser是流行的“LDA效应大小（LEfSe）”方法在R中的一个实现，用于发现微生物生物标记物。它使用Kruskal-Wallis检验、Wilcoxon-Rank Sum检验和线性判别分析来寻找群体和亚群体的生物标志物。

作者：Asya Khleborodova【cre，aut】，Ludwig Geistlinger【ctb】，Marcel Ramos【ctb），Samuel Gamboa Tuz[ctb]，Levi Waldron[ctb]，Sehyun Oh[ctb]

维护人员：Asya Khleborodova<gmail.com上的Asya.bioconductor>

引文（从R中输入引文（“lefser”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“lefser”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“lefser”）

介绍用于微生物组分分析中生物标记发现的流行LEfSE软件的lefser R实现。	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

生物视图	分类,差异表达式,微生物组,排序,软件,统计方法
版本	1.14.0
在生物导体中	生物柴油3.12（R-4.0）（4年）
许可证	艺术-2.0
取决于	总结性实验，R（>=4.0.0）
进口	硬币,MASS（质量）,ggplot2,S4载体，统计信息，方法，实用程序，dplyr公司
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/waldronlab/lefser
错误报告	https://github.com/waldronlab/lefser/issues

建议	针织物,rmarkdown公司,策划的MetagenomicData,仿生风格,品学兼优,测试那个,pkg向下,覆盖（covr）,用r
链接到
增强功能
取决于我
导入我	ggpicrust2
建议我	达尔
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	列弗_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	lefser_1.14.0.zip（左）
macOS二进制（x86_64）	左侧_1.14.0.tgz
macOS二进制（arm64）	左侧_1.14.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lefser网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/lefser
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/lefser网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/lefser/
软件包下载报告	下载统计信息