免疫调节
使用不同免疫基因的工具
生物导体版本:释放(3.19)
MHC(主要组织相容性复合体)分子是向T细胞提供抗原的细胞表面复合体。给定遗传背景下的抗原库在很大程度上取决于编码MHC分子的序列,因此,在人类中,取决于超多态HLA位点的高度可变HLA(人类白细胞抗原)基因。据报道,已有28000多个不同的HLA等位基因,世界各地人群的等位基因频率存在显著差异。大规模生物信息学工作流程中HLA等位基因的可复制性和一致性注释仍然具有挑战性,因为可用的参考数据库和软件工具通常使用不同的HLA命名方案。包免疫为HLA基因在典型免疫信息学工作流程中的一致注释提供了工具,例如预测不同人类供体中MHC呈现的肽。提供不同HLA命名方案之间映射的转换器功能基于MHC限制本体(MRO)。该软件包还可以自动访问储存在等位基因频率网络数据库中的全球人类参考人群中的HLA等位基因的频率。
作者:凯萨琳娜·伊姆凯勒[cre,aut]
维护人员:凯萨琳娜·伊姆凯勒(Katharina Imkeller)<k.Imkeller at dkfz.de>
安装
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如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“免疫”)
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文档
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浏览幻影(“免疫”)
细节
生物视图 |
注释,生物医学信息学,遗传学,免疫肿瘤学,软件 |
版本 |
1.12.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.13(R-4.1)(3.5年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=4.1) |
进口 |
字符串,本体索引,卷曲,ggplot2,阅读器,服务器,三年,xml 2语言,地图,爱尔兰航空公司 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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错误报告 |
https://github.com/imkeller/inmunotion/issues(https://github.com/imkeller/inmunotion/issues) |
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程序包档案
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