imcR工具
成像质谱数据分析方法
生物导体版本:释放(3.19)
此R包支持处理和分析成像质谱仪和其他高度复用的成像数据。主要功能包括在图像分割和测量后读取单细胞数据、进行通道溢出校正的数据格式化以及许多空间分析方法。首先,通过空间图形构建检测细胞间的相互作用;这些图可以用表示节点的单元格和表示边的交互来可视化。此外,对每个细胞及其直接邻域进行总结,以允许进行空间聚类。根据图像/分组级别,对不同类型细胞之间的相互作用进行计数、平均并与随机排列进行比较。通过这种方式,可以检测到比预期更频繁(吸引)或更少(回避)交互的细胞类型。
作者:尼尔斯·埃林[aut]、托比亚斯·霍赫[ctb]、维托·扎诺特利[ctb]]、贾娜·菲舍尔[ctb〕、丹尼尔·舒尔茨[ctb,cre],拉斯·梅耶
维护人员:丹尼尔·舒尔茨(Daniel Schulz)
引文(从R中输入引文(“imcRtools”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“imcRtools”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“imcRtools”)
细节
生物视图 |
群集,数据导入,免疫肿瘤学,单个单元格,软件,空间 |
版本 |
1.10.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.14(R-4.1)(3年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=4.1),空间实验 |
进口 |
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系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/BodenmillerGroup/imcR工具 |
错误报告 |
https://github.com/BodenmillerGroup/imcRtools/issues网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。