测深仪

基于DER Finder方法的RNA-seq数据的注释-诊断差异表达分析

生物导体版本：释放（3.19）

该软件包提供了对RNA-seq数据进行注释无关的差异表达分析的功能。该包中包含了DER Finder方法的两个实现：（1）单个基本级别的F统计和（2）表达区域级别的DER识别。DER Finder方法也可用于识别差异界ChIP-seq峰。

作者：莱昂纳多·科拉多·托雷斯、艾莉莎·弗雷泽[ctb]、安德鲁·贾菲[aut]，Jeffrey T.Leek[aut，ths]

维护人员：莱昂纳多·科拉多·托雷斯<lcoladotor at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“derfinder”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“derfinder”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“derfinder”）

生物视图	ChIPSeq公司,新闻报道,差异表达式,差异峰值呼叫,免疫肿瘤学,RNA序列,排序,软件
版本	1.38.0
在生物导体中	生物技术3.0（R-3.1）（10年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=3.5.0）
进口	生物遗传学(>= 0.25.1),注释Dbi(>= 1.27.9),生物并行(>= 1.15.15),颠簸猎人(>= 1.9.2),derfinder助手(>= 1.1.0),基因组信息Db(>= 1.3.3),基因组比对,基因组特征,基因组文件,基因组范围(>= 1.17.40),Hmisc公司,I范围（>=2.3.23），方法，q值(>= 1.99.0),Rsamtools软件(>= 1.25.0),rtracklayer公司,S4载体（>=0.23.19），统计，实用程序
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/lcolladotor/derfinder
错误报告	https://support.bioconductor.org/t/derfinder/

建议	仿生风格(>= 2.5.19),sessioninfo（会话信息）,查找器数据(>= 0.99.0),derfinder图,DESeq2公司,ggplot2,针织物(>= 1.6),利马,参考管理器,rmarkdown公司(>= 0.3.3),测试那个(>= 2.1.0),TxDb（发送日期）。Hsapiens。UCSC.hg19.known基因,覆盖（covr）
链接到
增强功能
取决于我
导入我	derfinder图,重新计票,区域报告,基因组状态,重新计票工作流
建议我	百万深度
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	德芬德_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	derfinder_1.38.0.zip型
macOS二进制（x86_64）	德芬德_1.38.0.tgz
macOS二进制（arm64）	德芬德_1.38.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/derfinder
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/derfinder
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/derfinder/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/derfinder/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包	源存档