解译X
单细胞基因组数据的净化
生物导体版本：释放（3.19）
该软件包包含DecontX（Yang等人，2020年）和DecontPro（Yin等人，2023年）的实现，DecontX是一种用于单细胞RNA-seq的去污算法。DecontX是一种新的贝叶斯方法，可以在没有空液滴信息的情况下计算估计和去除单个细胞中的RNA污染。DecontPro是一种贝叶斯方法，用于估计CITE-seq ADT数据集中环境和背景源的污染水平，并对数据集进行净化。
作者：袁寅[aut，cre]
，Masanao Yajima[aut]，乔舒亚·坎贝尔
维护人员：元音<outlook.com>上的元音
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“decotX”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“decotX”）
细节
| 生物视图 |
贝叶斯主义者,单个单元格,软件 |
| 版本 |
1.2.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.18（R-4.3）（1年） |
| 许可证 |
MIT+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.3.0） |
| 进口 |
塞尔达,聚类算法,DelayedArray（延迟阵列）,ggplot2,矩阵(>= 1.5.3),MCMC精度、方法、，拼凑,胶合板,卢比(>= 0.12.0),Rcpp并行(>= 5.0.1),重塑2,rstan公司(>= 2.18.1),甾醇(>= 2.2.0),S4载体,散射,修拉,单细胞实验,总结性实验,用r |
| 系统要求 |
GNU品牌 |
| 统一资源定位地址 |
|
查看更多
| 建议 |
仿生风格,dplyr公司,针织物,rmarkdown公司,尖叫声,单细胞多模式,TENxPBMC数据,测试那个(>= 3.0.0) |
| 链接到 |
伯克希尔哈撒韦(>= 1.66.0),卢比(>= 0.12.0),RcppEigen基因(>= 0.3.3.3.0),Rcpp并行(>= 5.0.1),rstan公司(>= 2.18.1),StanHeaders公司(>= 2.18.0) |
| 增强功能 |
|
| 取决于我 |
|
| 导入我 |
|
| 建议我 |
|
| 指向我的链接 |
|
| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
