细胞描记器
R中高度复用成像数据的可视化
生物导体版本：释放（3.19）
高度复用成像以空间分辨率的方式获得选定蛋白质的单细胞表达。这些测量可以跨多个长度刻度可视化。首先，像素级强度表示具有最高分辨率的特征表达的空间分布。其次，分割后，表达式值或单元级元数据（例如单元类型信息）可以在分割的单元区域上可视化。此软件包包含用于可视化多路复用读出和通过多路复用成像技术获得的单元级信息的功能。此软件包的主要功能允许1。多通道像素级信息的可视化，2。在分段掩码和3上显示单元级信息（表达式和/或元数据）。单个细胞的门控和可视化。
作者：尼尔斯·埃林[aut]
，尼古拉斯·达蒙德，托拜厄斯·霍赫[ctb]，拉斯·梅耶[cre，ctb]
维护人员：Lasse Meyer<Lasse.Meyer在dqbm.uzh.ch>
引文（从R中输入引文（“cytomapper”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“cytomapper”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“细胞描记器”）
细节
| 生物视图 |
数据导入,免疫肿瘤学,多重比较,规范化,一个频道,单个单元格,软件,双通道 |
| 版本 |
1.16.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.11（R-4.0）（4.5年） |
| 许可证 |
GPL（>=2） |
| 取决于 |
R（>=4.0），EB图像,单细胞实验，方法 |
| 进口 |
空间实验,S4载体,生物并行,HDF5阵列,DelayedArray（延迟阵列）,R彩色啤酒,翡翠色，实用程序，总结性实验、工具、图形、，光栅，gr设备，统计，ggplot2,蜂群,svgPanZoom（svgPan缩放）,斯格利特,闪亮的,闪亮的仪表板,矩阵统计,rhdf5型,nnls公司 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/BodenmillerGroup/cmotapper网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/BodenmillerGroup/cmotapper/issues网站 |
查看更多
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
