cpvSNP公司

特定基因集中基因SNP关联p值的基因集分析方法

生物导体版本：释放（3.19）

基因集分析方法可以将SNP水平的关联p值组合到基因集中，计算每个基因集的单个关联p值。该软件包实现了两种仅需要计算的SNP p值、感兴趣的基因集和相关矩阵（如果需要）的方法。一种方法（GLOSSI）需要独立的SNP，而另一种方法可以考虑SNP之间的相关性（LD）。内置绘图功能可帮助用户可视化结果。

作者：凯特林·麦克休、杰西卡·拉尔森和杰森·哈克尼

维护人员：Caitlin McHugh<mchughc at uw.edu>

引文（从R中输入引文（“cpvSNP”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）生物管理器：：安装（“cpvSNP”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“cpvSNP”）

生物视图	GeneSet扩展,遗传学,基因组变异,路径,软件,统计方法
版本	1.36.0
在生物导体中	生物多样性3.1（R-3.2）（9.5年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=3.5.0），基因组特征,GSEA基地(>= 1.24.0)
进口	方法，公司,生物并行,ggplot2,普利尔
系统要求
统一资源定位地址

建议	TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,RUnit（运行单位）,生物遗传学,报告工具,仿生风格
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	cpvSNP_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	cpvSNP_1.36.0.zip（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	cpvSNP_1.36.0.tgz
macOS二进制（arm64）	cpvSNP_1.36.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cpvSNP
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/cpvSNP
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cpvSNP/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/cpvSNP/
软件包下载报告	下载统计信息