畜栏
单细胞数据的对应分析
生物导体版本:释放(3.19)
对应分析(CA)是一种矩阵分解方法,类似于主成分分析(PCA)。虽然主成分分析是为应用于连续的、近似正态分布的数据而设计的,但主成分分析适用于相同加性尺度的非负的、基于计数的数据。corral包实现了CA,用于单个单元格数据矩阵的降维,以及CA的多表自适应,该CA利用数据优化缩放,通过投影到共享的潜在空间来对齐不同测序平台生成的数据。corral利用稀疏矩阵和SVD的快速实现,可以直接在Bioconductor对象(例如SingleCellExperiment)上调用,以便于管道集成。该软件包还包括其他选项,包括CA的变体以解决计数数据中的过度分散(例如,Freeman-Tukey chi-squared残差),以及使用CA的Hellinger距离自适应将CA类型处理应用于连续数据(例如,蛋白质组TOF强度)的选项。
作者:Lauren Hsu【aut,cre】,Aedin Culhane[作者]
维护人员:Lauren Hsu<lrnshoe at gmail.com>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“畜栏”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
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浏览幻影(“畜栏”)
细节
生物视图 |
BatchEffect(批次效果),尺寸缩减,基因表达式,预处理,主要组件,排序,单个单元格,软件,可视化 |
版本 |
1.14.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.12(R-4.0)(4年) |
许可证 |
GPL-2型 |
取决于 |
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进口 |
ggplot2,ggthemes主题,gr设备,额外网格,厄尔巴,矩阵、方法、,多重分析实验,朋友,重塑2,单细胞实验,总结性实验,运输 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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程序包档案
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