寻求共识
使用基因组位置和基因组范围检测一组经验中的共识区域
生物导体版本:释放(3.19)
该软件包比较了多个实验中的基因组位置和基因组范围,以提取共同区域。所分析区域的大小和经验数量是可调整的,其中一个特征必须出现在潜在区域中,才能将该区域标记为共识区域。在基因组分析中,特征识别产生由基因组范围包围的位置值,例如ChIP-Seq峰和核小体位置,实验的复制可能会导致预测值之间的微小差异。这套方案能够将结果调解为共识区域。
作者:Astrid Deschánes[创作,创作],法比安·克劳德·拉马泽[ctb],帕斯卡·贝劳[aut],阿诺·德罗特[aut]
维护人员:Astrid Deschánes<adeschen at hotmail.com>
引文(从R中输入引文(“consensusSeekeR”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“consensusSeekeR”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“consensusSeekeR”)
细节
生物视图 |
生物学问题,ChIPSeq公司,新闻报道,遗传学,多重比较,峰值检测,排序,软件,转录 |
版本 |
1.32.0 |
在生物导体中 |
生物多样性3.3(R-3.3)(8.5年) |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
R(>=3.5.0),生物遗传学,I范围,基因组范围,生物并行 |
进口 |
基因组信息Db,无线电跟踪器,字符串,S4载体,方法 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/adeschen/consunsusSeekeR |
错误报告 |
https://github.com/adeschen/consensusSeekeR/issues(https://github.com/adeschen/consensusSeekeR/issues) |
查看更多
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。