寻求共识

使用基因组位置和基因组范围检测一组经验中的共识区域


生物导体版本:释放(3.19)

该软件包比较了多个实验中的基因组位置和基因组范围,以提取共同区域。所分析区域的大小和经验数量是可调整的,其中一个特征必须出现在潜在区域中,才能将该区域标记为共识区域。在基因组分析中,特征识别产生由基因组范围包围的位置值,例如ChIP-Seq峰和核小体位置,实验的复制可能会导致预测值之间的微小差异。这套方案能够将结果调解为共识区域。

作者:Astrid Deschánes[创作,创作],法比安·克劳德·拉马泽[ctb],帕斯卡·贝劳[aut],阿诺·德罗特[aut]

维护人员:Astrid Deschánes<adeschen at hotmail.com>

引文(从R中输入引文(“consensusSeekeR”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“consensusSeekeR”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“consensusSeekeR”)
一组实验中共识区域的检测 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 生物学问题,ChIPSeq公司,新闻报道,遗传学,多重比较,峰值检测,排序,软件,转录
版本 1.32.0
在生物导体中 生物多样性3.3(R-3.3)(8.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=3.5.0),生物遗传学,I范围,基因组范围,生物并行
进口 基因组信息Db,无线电跟踪器,字符串,S4载体,方法
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/adeschen/consunsusSeekeR
错误报告 https://github.com/adeschen/consensusSeekeR/issues(https://github.com/adeschen/consensusSeekeR/issues)
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 寻求共识R_1.32.0.tar.gz
Windows二进制 同意书SeekeR_1.32.0.zip
macOS二进制(x86_64) 共识SeekeR_1.32.0.tgz
macOS二进制(arm64) 共识寻求R_1.32.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/consensusSeekeR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:套餐/共识SeekeR
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/consunsusSeekeR/
包短Url https://bioconductor.org/packages/consensusSeekeR/
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