同意OV
基于基因表达的高级别浆液性卵巢癌亚型分类
生物导体版本:释放(3.19)
该软件包实现了Helland等人(PLoS One,2011)、Bentink等人(PLoS One,2012)、Verhaak等人(J Clin Invest,2013)和Konecny等人(J Natl cancer Inst,2014)所述的高级浆液性(HGS)卵巢癌的四个主要亚型分类器。此外,该软件包实现了一个共识分类器,该分类器巩固并改进了所提议的亚型分类器的稳健性,从而为明确定义亚型的HGS卵巢肿瘤患者提供了可靠的分层。
作者:Gregory M Chen[aut]、Lavanya Kannan[aut'、Ludwig Geistlinger[aut]、Victor Kofia[aut)、Levi Waldron[aut】、Christopher Eeles[ctb]、Benjamin Haibe-Kains[aut,cre]
维护人员:本杰明·海贝-凯恩斯(Benjamin Haibe.Kains)
引文(从R中输入引文(“consensusOV”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“consensusOV”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“consensusOV”)
细节
生物视图 |
分类,群集,差异表达式,基因表达式,微阵列,软件,转录组学 |
版本 |
1.26.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.6(R-3.4)(7年) |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
R(>=3.6) |
进口 |
博科生物,GSVA公司(>= 1.50.0),格达塔,日内瓦,利马,矩阵统计,随机森林,stats,utils,方法,生物并行 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
http://www.pmgenomics.ca/bhklab/software/consunsusOV |
错误报告 |
https://github.com/bhklab/consunsusOV/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。