同意OV

基于基因表达的高级别浆液性卵巢癌亚型分类


生物导体版本:释放(3.19)

该软件包实现了Helland等人(PLoS One,2011)、Bentink等人(PLoS One,2012)、Verhaak等人(J Clin Invest,2013)和Konecny等人(J Natl cancer Inst,2014)所述的高级浆液性(HGS)卵巢癌的四个主要亚型分类器。此外,该软件包实现了一个共识分类器,该分类器巩固并改进了所提议的亚型分类器的稳健性,从而为明确定义亚型的HGS卵巢肿瘤患者提供了可靠的分层。

作者:Gregory M Chen[aut]、Lavanya Kannan[aut'、Ludwig Geistlinger[aut]、Victor Kofia[aut)、Levi Waldron[aut】、Christopher Eeles[ctb]、Benjamin Haibe-Kains[aut,cre]

维护人员:本杰明·海贝-凯恩斯(Benjamin Haibe.Kains)

引文(从R中输入引文(“consensusOV”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“consensusOV”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“consensusOV”)
卵巢癌的分子分型 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 分类,群集,差异表达式,基因表达式,微阵列,软件,转录组学
版本 1.26.0
在生物导体中 生物技术3.6(R-3.4)(7年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=3.6)
进口 博科生物,GSVA公司(>= 1.50.0),格达塔,日内瓦,利马,矩阵统计,随机森林,stats,utils,方法,生物并行
系统要求
统一资源定位地址 http://www.pmgenomics.ca/bhklab/software/consunsusOV
错误报告 https://github.com/bhklab/consunsusOV/issues
查看更多
建议 仿生风格,ggplot2,针织物,rmarkdown公司,魔法
链接到
增强功能
取决于我
导入我 有意义的人
建议我
指向我的链接
生成报告 生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 同意OV_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 同意OV_1.26.0.zip
macOS二进制(x86_64) 同意OV_1.26.0.tgz
macOS二进制(arm64) 同意OV_1.26.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/consensusOV
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:一揽子计划/共识OV
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/consunsusOV/
包短Url https://bioconductor.org/packages/consensusOV/
软件包下载报告 下载统计信息