芯片富集
ChIP-seq峰值数据的基因集富集
生物导体版本:释放(3.19)
ChIP-Enrich和Poly-Enrich使用ChIP-seq实验中的峰值进行基因集富集测试。该方法从经验上纠正了诸如基因长度和基因周围序列的可映射性等混淆因素。
作者:Ryan P.Welch[aut,cph],Chee Lee[aut],Raymond G.Cavalcante[aut],Kai Wang[cre],Chris Lee[aut],Laura J.Scott[th],Maureen A.Sartor[th]
维护人员:Kai Wang<wangdaha at umich.edu>
引文(从R中输入引文(“chipcrich”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“chipeenrich”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“chipenhich”)
细节
生物视图 |
ChIPSeq公司,表观遗传学,功能基因组学,GeneSet扩展,组蛋白修饰,免疫肿瘤学,回归,软件 |
版本 |
2.28.0 |
在生物导体中 |
生物技术2.13(R-3.0)(11年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=3.4.0) |
进口 |
注释Dbi,生物遗传学,chiperich.data(芯片丰富数据),基因组信息Db,基因组范围,gr设备,网格,I范围,晶格,额外晶格,MASS(质量)、方法、,mgcv公司,组织结构图,组织博士eg.db,组织Hs.eg.db,组织管理例会.db,组织Rn.eg.db,平行,普利尔,rms(有效值),无线电跟踪器,S4载体(>=0.23.10),统计,字符串,实用程序 |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
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程序包档案
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