卡德里诺
从单细胞数据进行克隆鉴定
生物导体版本：释放（3.19）
方法使用单细胞RNA-seq数据（scRNA-seg）和可能的其他数据形式推断细胞群体的克隆树配置。还提供了将细胞分配给推断的克隆并探索克隆之间基因表达差异的方法。这些方法可以灵活地整合基于大量exome-seq数据推断的不完全克隆树和scRNA-seq数据中表达的稀疏变异等位基因的信息。使用了一个灵活的β-二项式误差模型，该模型考虑了随机辍学事件以及系统等位基因不平衡。
作者：杰弗里·普林（Jeffrey Pullin[aut]）、黄远华（Yuanhua Huang）、戴维斯·麦卡锡（Davis McCarthy[aut，cre]
维护人员：戴维斯·麦卡锡（Davis McCarthy）<dmccarthy at svi.edu.au>
引文（从R中输入引文（“cardelino”）):
安装
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如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“cardelino”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
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浏览幻影（“cardelino”）
细节
| 生物视图 |
Exome序列,基因表达式,RNA序列,排序,单个单元格,软件,转录组学,可视化 |
| 版本 |
1.6.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.16（R-4.2）（2年） |
| 许可证 |
GPL-3公司 |
| 取决于 |
R（>=4.2），统计 |
| 进口 |
组合,基因组信息Db,基因组范围,ggplot2,ggtree（ggtree）,矩阵,矩阵统计、方法、，情势图,snpStats（snpStat）,S4载体，实用程序，变量注释,真空断路器 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/single-cell-genetics/cardelino网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/single-cell-genetics/cardelino/issues |
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程序包档案
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